伊斯兰教的传播，客观上促进了塔里木盆地各地的语言文字走向一体化。伊斯兰教的传播与广泛流行，自然而然地导致阿拉伯文伴随而来。塔里木盆地原有的于阗文、龟兹—焉耆文、婆罗迷文等文字逐渐被废弃，成为死文字。回鹘文虽在一定范围、一定时期内还在继续使用，但已无法与居于统治地位的阿拉伯文字相提并论了。

由于伊斯兰教的传播，阿拉伯语和波斯语都开始在中亚、新疆的回鹘—畏兀儿人中流行。在喀喇汗王朝时期形成的具有伊斯兰文化特色的哈喀尼亚语，在察合台汗国时期得到进一步的发展。这种语言虽继承了古代突厥语的语言特征，但借用了较多的阿拉伯语和波斯语的借词、语音及语法形式，与新疆东部地区流行的回鹘语已迥然由别。在新疆西南部地区，信仰伊斯兰教的操突厥语的民族，将其作为一种共同的书面语言来使用。由于喀什在伊斯兰文化的传播及哈喀尼亚语的形成中都具有特殊的地位，故13世纪以后，这种语言又被称为“喀什噶尔语”。[26]

随着伊斯兰教势力的逐步东进，哈喀尼亚语也在随之跟进，至15世纪初，已渐及新疆天山南北和中亚地区，为操突厥语的民族普遍使用，演变成察合台语。语言文字的统一，客观上加速了民族的融合，尤其在察合台汗国时期，占统治地位的各蒙古部落和当地一些操波斯语族语言的部族，大批地融合到人数众多的突厥语诸族中，为近世维吾尔族的形成奠定了基础。

在以喀什为中心的文化区内，与伊斯兰教相应的风俗习惯也在逐步形成。13世纪初，乌古孙仲端赴中亚觐见成吉思汗。在其所撰《北使记》中，对当地的民风是这样记载的：

其妇人衣白，面亦衣，止外其目……其书契约束并回纥字。笔苇其管，言语不与中国通。人死不焚葬，无棺椁，比敛，必西其首。其僧皆发，寺无绘塑，经语亦不通，惟和、沙州寺像如中国，诵汉字佛书。[27]

可见，此时中亚及今新疆西南部地区的大多数居民的风俗习惯都已深深打上了伊斯兰文化的烙印，只有和州(今新疆吐鲁番市)、沙州(今甘肃敦煌市)尚有佛教继续流行，崇拜偶像，诵汉文佛教经典。

三、以高昌为中心的文化区

高昌(今新疆吐鲁番市)自古为东西交通的要道，是丝绸之路必经之地。该地区具有优越的自然生态环境，农业发达、人口众多、文化昌盛。高昌文化突出地体现了一种十字路口文化的特征，因而这里的畏兀儿文化具有多元合成之特色。