近几年，随着我国经济的蓬勃发展，高校科研与政府、企业的合作联系也逐渐紧密，所承担的科研项目越来越多，科研经费也随之大幅度的增长，详细内容请看下文探讨科研经费的管理。

近来，科研经费数量的多少已成为衡量高校实力的一个重要条件。然而，如何加强科研经费的管理是目前许多高校面临的严峻问题，科研经费管理有效性差普遍存在。

目前科研经费管理存在的问题

(一)科研经费预算编制不规范

目前，国家在科研项目支出科目、预算定额等方面还没有制定出科学系统的预算定额标准，科研人员并非财务人员，预算观念淡薄，只把科研预算作为争取科研经费的环节之一，前期可行性调查不到位，不进行足够的调研和科学的测算，编制出的经费预算不准确，预算内容不全面，凭以往的经验和估计填列出预算数据，缺乏前瞻性、合理性和规范性要求。

(二)缺乏全面准确的成本核算

教学资金与科研资金来源于不同的资金渠道，在使用时，要按规定计入各自的成本，但是在实际中，通常很难严格的将两者成本准确核算。高校的科研人员大多是教学、科研双肩挑，科研工作与教学工作有着密切联系，用于实验教学的材料经常被用于科研项目的实验，例如，教学用固定资产用于科研的使用费，从事科研使用的水电费等支出不计入科研成本，而是全部在教育事业费中列支;科研人员的超比例提取津贴、酬金;在报销费用时，发票中所列的明细项目与实际支出情况不符;在人工费的开支上，虚构人员或假借学生身份套取助研补贴，使项目成本核算难以实现实事求是的原则。高校科研项目的成本只是部分地从科研经费中得到补偿，科研成本严重的挤占、挪用了学校的教育事业经费。