（二）税收政策方面 
1.税收优惠政策应加强中间环节的侧重 
长期以来有关税收优惠政策的重点都集中高新技术产业的生产、销售两个环节，实际上是针对结果的优惠，而对创新的过程并不给予优惠。用这个方法如果在取得收入以前进行了大量的科技投资则享受不到优惠鼓励。虽然也对促进高新技术产业规模的扩大起到了一定的作用，但在这样的政策激励作用下，企业就把重点放在引进技术和生产高新技术产品上，而对建立科技创新体系和研究开发新产品投入不足，同时也造成生产线的重复引进和最终产品生产能力强大，而中间产品、配套产品及一些重要原材料开发能力不足等问题。今后的税收优惠政策应把重点落在产品研究开发、技术转化环节上，以促进科技创新机制的形成和完善。 
2.逐实现向以间接优惠为主的模式转变 
一般来说，间接优惠具有较好的政策引导性，有利于形成“政策引导市场、市场引导企业”的有效优惠机制，也有利于体现公平竞争的原则。目前发达国家支持、鼓励企业科技创新的税收政策大多都主要采用间接优惠方式，我国运用的间接优惠方式较少，只占34.19%，这对支持、鼓励更多的企业开展科技创新一定的负面影响。我国今后应该借鉴国际经验再多一些采用间接优惠方式，如技术开发基金等，并适当加大诸如加速折旧、投资抵免等的税收优惠力度，逐步实现由以直接优惠为主向以间接优惠为主的模式转变，鼓励企业资金更多用于科技投入和设备更新，加快自主创新产业化进程。 
3.推进以“普惠制”逐步取代“特惠制” 
“普惠制”是相对于现行科技税收优惠政策所体现出的“特惠制”而言的，说的是，支持、鼓励企业创新的科技税收优惠政策不应定位在企业的所在区域上，也不应定位在企业的所属行业上，而应定位在企业所从事的项目上，经税务机关认定审核，只要企业所从事的项目符合创新要求，不论其是否在高新技术产业开发区，是否是高新技术企业，也不论其所属哪一个行业都可享受统一的科技税收优惠待遇。这就要：打破区域界限、扩大受惠行业的范围并兼顾对中小企业自主创新的扶持，制定出独立的一套促进中小企业科技自主创新的税收政策。 
4.填补政策空白激发高技术人才创新热情 
首先可考虑对创新工作者给予更多的税收鼓励，比如适度扩大科技奖励免征个人所得税范围，对科技发明方面的特许权使用费的获得者可视同稿酬所得减征部分个人所得税等。其次针对自主创新企业的实际情况，对房补扣除不分行政、企事业单位房改与否，一律统一标准并放宽扣除金额，允许在计征个人所得税时扣除，以公平个人所得税负担。

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