（2）现行增值税把产品成本构成的无形资产推销、科研开发投入也作为征税依据，容易挫伤企业的创新投入积极性。 
（3）现行增值税征税范围过窄致使相关费用所含税款无法抵扣。由于高新技术产业的迅猛发展，新技术、新工艺的不断采用，科技产品成本结构发生了根本性的变化，直接材料成本所占比例不断降低，间接费用的比例大大增加，大量研究开发费用、技术转让费用等无形资产以及科技咨询费用等往往大于有形资产的投入，这些开支目前都不属于进项税额的抵扣范围。这无异于增加了企业的税收负担，挫伤了企业技术投入和研究开发新产品的积极性，影响科技企业的发展。 
3.税收政策的“特惠制”不利于企业创新发展 
以往支持、鼓励企业科技创新的优惠政策大都是以“特惠制”为特征的。所谓“特惠制”是指针对某一性质的企业、某一行业或某一区域内的企业等，主要表现为“区域特惠”、“行业特惠”。这种“特惠制”一方面使得这些企业的非科技创新收入也享受了优惠待遇，并很容易引导企业发生避税行为，一些企业为了享受这种“特惠制”不择手段、弄虚作假、想方设法争“头衔”甚至“假注册”，助长了这些企业的“寻租”行为，一些开发区管理者为追求“政绩”，随意增加入驻企业数目，导致“高新技术产业开发”名不符实，加大了税收征管的难度；另一方面还造成了同一性质的产业因所处区域不同而税负不同的扭曲，在很大程度上挫伤了身在高新技术产业开发区外的企业、甚至很多也是高新技术企业研发新技术的积极性，大大局限和弱化了税收政策手段在促进企业科技创新方面的作用。 
4.激励企业创新的税收政策存在政策“真空” 
主要表现为个人所得税制度的设计缺乏对从事科研人员的优惠措施。我国现行税法几乎没有针对高科技创新人才的税收优惠政策，没有充分考虑个人教育投资和对科技人员的激励。个人所得税法仅有对省级人民政府、国务院部委、中国人民解放军以上单位以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金及规定的政府津贴免征个人所得税，而对省级以下政府及企业颁发的重大成就奖、科技进步奖仍然征收个人所得税，不利于激发企业科技人员的创新精神。而且个人所得税没有考虑高科技人才教育投资成本大的情况，没有实行税前扣除的优惠，致使居民对高层次的教育投入不足。对高科技人才的创造发明、成果转让收益征税，削弱了科研工作者投身科技开发的积极性，使得整个科研领域缺乏吸引力，也打击了对科技成果进行转化的热情。 
三、对我国促进技术创新的财税政策建议 
我国财税政策在营造激励自主创新的环境，推动企业成为技术创新的主体方面发挥了积极的作用，但是与我国建立创新型国家的要求相比还有一定得差距，所以应当进一步完善我国促进技术创新的财税政策。

（一）财政支出政策方面 
1.加大政府科技投入，特别是对重点领域的投入 
目前我国的财政科技拨款占当年财政支出的比重偏低，应当在财政科技投入增幅明显高于财政经常性收入增幅基础上加大政府对科技和技术创新的投入。同时应当根据国家发展需要和实施条件的成熟度，支持自主创新重点领域，主要应加强对基础和应用基础研究领域的科技投入，支持科技条件基础平台建设，支持战略性带头产业的自主创新和支持、促进科研机构的科技成果转化。 
2.改变单一财政补助方式，创新资金投入方式 
不同的科技活动有不同的特点，应通过贴息、有偿使用、以奖代补、风险投资等多种方式，引导企业积极增加科技投入，全面提高企业自主技术开发能力，建立多元化、多渠道的科技投入体系。 
3.明确政府采购自主创新产品的范围，完善政府采购自主创新产品制度 
国际经验表明，政府采购在激励企业技术创新方面发挥着积极作用。我国目前尚未明确政府采购自主创新产品的范围，由财政部及科技部等有关部门研究制订的《政府采购自主创新产品目录》尚未出台，目前只有少数地方政府出台了地方的政府采购目录，如上海市颁布的《2009 年政府采购自主创新产品目录》。因此，应当尽快确定国家政府采购自主创新产品的范围，使政府采购在促进技术创新上发挥更大作用。 
4.建立健全财政科技支出的绩效考核评价机制 
建立健全科技支出的绩效考核评价机制是优化科技资源配置、提高科技支出效益的重要手段。在建立财政科技支出的绩效考评机制过程中，重点是要对基础研究、应用研究和基础设施投入分类进行支出绩效评价，建立科学的评价方法和指标体系。