3.财政科技投入的管理不足，效果不明显

一是管理缺位。我国的科技项目、经费分别在不同部门分头管理，缺少必要的信息沟通、协调，这样很容易导致部门间的科技开发计划难免有重复，从而导致科技资源重复配置，在一定程度上造成财政资金的浪费。二是科技成果转化率低。根据科技部和统计局公布的资料，我国每年省部级以上的科技成果和专利申请中能迅速转化为现实生产力的在 10%左右，远远低于发达国家60%-80%的水平。

(二)税收政策方面

1.支持鼓励企业创新的优惠政策存在薄弱环节

我国现行的科技税收优惠政策主要作用在支持企业创新的生产投入和成果转化应用方面，税收政策主要偏重于对已经形成科技实力的高新技术企业以及已经享有科研成果的技术性收入给予优惠，而对企业创新最需要支持、也是处境最为艰难的研发过程则缺乏有力的税收支持。大部分高科技企业在创业初期基本上都没有利润、享受不到企业所得税减免优惠，几年后科技创新成果的产业化实现了经济效益、有了利润时，又大都过了税收优惠期，结果造成一些企业实际上根本没有享受到税收优惠。

2.总体税制结构存在制约创新企业发展的因素

税收政策优惠主要体现在所得税上面，而目前实行的是以流转税和所得税为主体的双主体税制结构模式，从收入占整个税收收入的比重看，流转税还居于绝对优势地位。由于流转税的设计没有充分考虑自主创新产业的一些特点，因而存在一些消极因素，一定程度上抵消了所得税优惠对自主创新产业发展的促进作用，使整个自主创新产业税收倾斜政策难以最大限度发挥效率。尤其是增值税，其缺陷表现得更加明显。增值税对自主创新产业发展的阻碍，主要表现在以下方面：

(1)现行增值税加重了创新企业的总体税收负担。从理论上分析，现行增值税至少在以下两个方面会加重企业负担：一是增值税实行凭发票抵扣制度，在目前增值税没有普遍实行的情况下，企业在很多时候难以取得有效发票进行抵扣;三是无形资产开发过程中的智力投入不能享受抵扣，而这些投入往往占创新技术产品成本的绝大部分。

(2)现行增值税把产品成本构成的无形资产推销、科研开发投入也作为征税依据，容易挫伤企业的创新投入积极性。

(3)现行增值税征税范围过窄致使相关费用所含税款无法抵扣。由于高新技术产业的迅猛发展，新技术、新工艺的不断采用，科技产品成本结构发生了根本性的变化，直接材料成本所占比例不断降低，间接费用的比例大大增加，大量研究开发费用、技术转让费用等无形资产以及科技咨询费用等往往大于有形资产的投入，这些开支目前都不属于进项税额的抵扣范围。这无异于增加了企业的税收负担，挫伤了企业技术投入和研究开发新产品的积极性，影响科技企业的发展。

3.税收政策的“特惠制”不利于企业创新发展

以往支持、鼓励企业科技创新的优惠政策大都是以“特惠制”为特征的。所谓“特惠制”是指针对某一性质的企业、某一行业或某一区域内的企业等，主要表现为“区域特惠”、“行业特惠”。这种“特惠制”一方面使得这些企业的非科技创新收入也享受了优惠待遇，并很容易引导企业发生避税行为，一些企业为了享受这种“特惠制”不择手段、弄虚作假、想方设法争“头衔”甚至“假注册”，助长了这些企业的“寻租”行为，一些开发区管理者为追求“政绩”，随意增加入驻企业数目，导致“高新技术产业开发”名不符实，加大了税收征管的难度;另一方面还造成了同一性质的产业因所处区域不同而税负不同的扭曲，在很大程度上挫伤了身在高新技术产业开发区外的企业、甚至很多也是高新技术企业研发新技术的积极性，大大局限和弱化了税收政策手段在促进企业科技创新方面的作用。

4.激励企业创新的税收政策存在政策“真空”

主要表现为个人所得税制度的设计缺乏对从事科研人员的优惠措施。我国现行税法几乎没有针对高科技创新人才的税收优惠政策，没有充分考虑个人教育投资和对科技人员的激励。个人所得税法仅有对省级人民政府、国务院部委、中国人民解放军以上单位以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金及规定的政府津贴免征个人所得税，而对省级以下政府及企业颁发的重大成就奖、科技进步奖仍然征收个人所得税，不利于激发企业科技人员的创新精神。而且个人所得税没有考虑高科技人才教育投资成本大的情况，没有实行税前扣除的优惠，致使居民对高层次的教育投入不足。对高科技人才的创造发明、成果转让收益征税，削弱了科研工作者投身科技开发的积极性，使得整个科研领域缺乏吸引力，也打击了对科技成果进行转化的热情。