1) 整理单位的确定
“件”即归档文件的整理单位，一般以每份文件为一件。文件正本与不同稿本为一件，正文与附件为一件，正文与文件处理单等为一件，原件与复制件为一件，转发文与被转发文为一件，来文与复文(如请示与批复、函与复函、通知与报告等)为一件。
2) 文件的修整
(1) 修裱破损文件。
修裱是指使用黏合剂和选定的纸张对破损文件进行“修补”或“托裱”，以恢复文件的原有面貌，增加强度，延长寿命。其中，修补主要针对一些有孔洞、残缺或折叠处已被磨损的文件，包括补缺或托补;托裱则是指在文件的一面或两面托上一张纸以加固文件。
(2) 复制字迹模糊或易褪变的文件。
档案字迹材料发生褪变，如褪色、扩散等而变得模糊不清时，就会影响档案的利用。决定档案字迹耐久性的因素包括字迹色素和字迹转移固定方式。在环境条件相同时，一般来说，最耐久的是以碳黑为色素成分、以结膜为转移固定方式的字迹材料，包括墨和墨汁、黑色油墨等;比较耐久的是以颜料为色素成分，以结膜或吸收方式转移固定的字迹材料，包括彩色油墨、蓝黑墨水、印泥等;不耐久的是以染料为色素成分的字迹材料，如纯蓝墨水、红墨水、复写纸、圆珠笔油、印台油等，或者以粘附为转移固定方式的字迹材料，如铅笔。
对字迹模糊或易褪变的文件，目前一般采用复印的方式进行复制。为减少复印件粘连
的机率，复印时墨粉浓度不宜太大，颜色不宜太深，并且最好采用单面复印。
(3) 超大纸张折叠。
由于档案盒尺寸是按照A4纸张的大小设计的，为方便将来文件装盒，就需要对超大纸张加以折叠。折叠的操作要求比较简单，但要注意尽量减少折叠次数，同时折痕处应尽量位于文件、图表字迹之外。此外文件页数较多时，宜单张折叠，以方便归档后的查阅利用。
(4) 去除易锈蚀的金属物。
文件制作时普遍使用的装订用品，如订书钉、曲别针、大头针等，其材质以铁、铝等化学性质活泼的金属为主，容易被空气中的二氧化碳、二氧化硫等物质氧化和腐蚀，使文件纸张受到损害。因此，文件整理归档时，需去除这些易锈蚀的金属物，以避免对档案潜在的危害。
3) 文件的装订
文件按件装订。要将文件按件构成基本整理单位，进行文件材料的排序，逐件固定文件的页次，保护文件，方便保管和利用。“件”内的各页应按一定方式对齐，以便于翻阅利用。一般来说，采用左上角装订的，应将左、上侧对齐;采用左侧装订的，应将左、下侧对齐。
装订方式应能较好地维护文件的原始面貌;装订材料应符合档案保护要求，应成本低廉，简便易用。目前，常用的装订方式除传统的线装外，还包括黏结式，如裱糊糨糊、热封胶;穿孔式，如钉书钉、铁夹背;变形材料，如钢夹、塑料夹;等等。
4) 文件的分类
(1) 年度分类法。
当一份文件有多个时间特征(包括成文日期、签发日期、批准日期、会议通过日期、公布日期、发文和收文日期等)时，一般以文件签发日期(即落款日期)判断文件所属年度。例如，2005年形成的《2006~2010年工作规划》应归入2005年度。
当文件资料是跨年度形成时，这样的文件往往统一在办结年度归档，分类时也都归入办结年度。例如，跨两个年度的会议形成的文件材料统一在闭幕年整理归档的，分类时这些文件材料都归入闭幕年。
当几份文件作为一件时，“件”的日期应以装订时排在前面的文件日期为准。具体地说，正本与定稿为一件，以正本为准;正文与附件为一件，以正文为准;转发文与被转发文为一件，以转发文为准;来文与复文为一件，以复文为准。
当立档单位相当一部分工作是按照专门年度进行时，如教学年度等，采用年度分类法时，对这部分工作中形成的文件，就应按照专门年度进行分类。例如，学校以学年为单位进行工作，形成的文件应按教学年度分类，其他文件仍按一般年度分类。
(2) 机构分类法。
一般来说，有一个机构就设置一个类，机构名称就是类名。各类的次序可按照本机关
机构序列表的规定或习惯上的顺序来排列。一般是领导机构、综合性机构排在最前面，再依次排列业务各部门。例如，先排办公室，后排业务处(室)、后勤部门等。
采用机构分类法原则上以哪个机构名义发文的文件就归入哪个机构的类中。有些文件是由几个机构共同处理的，如何归类则须视具体情况而定。有主办者的一般归入主办机构;以机关名义发出的文件，则归入有关机构类中。业务部门起草、以机关或办公厅(室)名义发出的，如果内容属该部门职责业务，则应归入负责起草文件的机构类中，否则，归入负责发文的综合机构内。
(3) 问题分类法。
在实际工作中，使用问题分类法的立档单位大多参照本单位内部组织机构的职能性质来设置类别，例如，将党委、工会、共青团等机构形成的归档文件划为“党群类”，业务部门形成的归档文件划为“业务类”，后勤行政部门形成的归档文件划为“行政类”等。
(4) 保管期限分类法。
保管期限分为永久、长期和短期3类。
(5) 常用的复式分类法及分类方案。
企业整理归档文件都必须分年度、分保管期限进行，机构(问题)作为选择项。
① 年度—机构—保管期限分类法。
即先将归档文件按年度分类，每个年度下按机构分类，再在组织机构下面按保管期限分类。采用此种分类方法，在库房排架时，每年形成的档案按机构序列依次上架，不必预先留空，也避免了倒架，库房管理非常方便;同时，可将一个年度同一机构形成的文件按保管期限的不同依次排列在一起，更便于实体查阅。此方法适用于现行机关文件整理归档工作，特别是推行部门整理归档的机关单位。
分类方案举例如下。
2005年： 办公室……永久、长期、短期
研发部……永久、长期、短期
销售部……永久、长期、短期
……
2006年： 办公室……永久、长期、短期
研发部……永久、长期、短期
销售部……永久、长期、短期
……
2007年： ……
② 保管期限—年度—机构分类法。
即先将归档文件按保管期限分类，每个保管期限下按年度分类，再在年度下面按机构分类，这种分类方法同样适用于内部机构虽有变化但不复杂的立档单位。采用此种分类方
法，在库房管理时，不同保管期限分别排架，更便于档案移交档案进馆。但每个期限应预留空架，以备以后各年档案陆续上架，否则需要每年倒架。此方法适用于现行机关文件整理归档工作。
分类方案举例如下。
永久：2005年办公室、研发部、销售部……
2006年办公室、研发部、销售部……
2007年……
长期：2005年办公室、研发部、销售部……
2006年办公室、研发部、销售部……
2007年……
短期：2005年办公室、研发部、销售部……
2006年办公室、研发部、销售部……
2007年……
5) 文件的排列
事由的界定可以有较大的灵活性。例如，一次请示或报告，批复收到后，就可视为事由办理完毕;一项工程、一次活动或一次会议，可以视为一个事由;一项工作如果办理时间长需要跨年度，为了及时归档，也可以按不同阶段分为几个事由;一次会议也可以分为筹备、开幕、不同议程、闭幕等几个事由。事由具体划分尺度由整理者根据办理时间的长短、形成文件的数量以及文书处理程度的不同等，本着便于整理和利用的原则自行掌握。
排列的实际操作可以分为两步：在最低一级类目内，先按照事由原则将属于同一事由的文件按文件的形成时间或文件的重要程度排列;对不同事由间的文件，可以按不同事由形成时间的先后顺序或事由的重要程度排列。