该校前身系基督教圣公会于1917年创办的“益智小学”，首位校长为沈子高先生。1919年改名为“道胜小学”，1942年增设初中，更名为“私立道胜中学”。1951年与“私立惠民中学”合并为“下关中学”。1952年7月由南京市人民政府改为公办，命名为“南京市第十二中学”，并任命夔孝华先生为校长。

1953年，该校成立党的联合支部（含全区中、小学），1954年正式成立党支部。这时全校已发展为26个班学生1332人，并于1954年秋季招收高一新生，当时该校是全市接受华侨子弟最多的中学，先后有印度尼西亚、泰国、马来西亚、新加坡等国的华侨子女200余人在校就读，其中绝大多数考入大学，例如，该校1958届的两个高三毕业班，其中半数以上为侨生，两班108名学生全部升入高校，以后至1966年文革，每年高考录取率都比较高。1963年至1966年，学校高中一直为四轨，教学质量较高，为市属重点中学之一。

1976年粉碎“四人帮”后，特别是党的十一届三中全会以后，学校得到很大的发展。1981年，新建四层20个教室的教学大楼，增添了现代化的教学设备，1992年又新建3700平方米的教学实验综合楼，内有现代化的语音室、微机室、电教室、劳技室以及物理、化学、生物等实验室。1995年，全校已发展到32个班（初中20个班，高中12个班），在校学生1923人，初中毕业合格率、升学率都达到98%以上，高中升学率达80%以上，学校被命名为“南京市重点中学”。 1995年学校被批准为市重点中学后，先后获得“省文明单位”、“全国卫生城市先进集体”、“市普教科学研究先进集体”、“市勤工俭学先进集体”等项荣誉，该校再接再厉，抓住机遇，着力调整与充实高中教师队伍，强化教学管理，全面推行素质教育。同时加大投资力度，努力搞好现代化教学设施建设，校内新建了闭路电视，教室装配了彩电，进行多媒体教学，还新建了全封闭的体育场地，添置了一批教学科研设备，从而使教学设施又登上了一个新台阶。1998年，该校高考实现了“三个突破”：上线率突破80%；本科生录取率突破50%；高考六门学科的平均总分突破省市均分。1998年被正式批准为省重点中学。

1999年高考录取率达到100%，斯年9月，五十二中并入该校，改名为十二中初中部，这样，全校共有教学班37个，学生近3000人，教职工272人。退休`教职工150余人。

自该校被评为省重点中学以来，高考升学率一直处于南京市同类学校前列，2001年高考升学率为100%。达本科分数线的2001年有232人；2002年有228人，2003年有251人，2004年有216人，2005年为232人，05年的推进率名列同层次学校前列,创历史新高。