学校已成为国家级示范高中。原南京理工大附中并入九中，组建成南京市城区第一所公办全寄宿制高中——南京九中震旦校区。学校坐落在著名的钟山风景区，环境清幽宜人，校园优美，荣获“南京市优美景观学校”称号，是一所设施一流、设备配套齐全，并且完全满足教学需要的现代化学校，是学生读书学习的理想场所。震旦校区将按照“做精做强”的建校思想，提高办学起点，实施先进的管理模式，提升办学水平。

在南京民间，九中以艺术生、体育生等特长众多，学生自我意识强、综合素质高闻名。在全市素质教育主导期间，九中学生的成绩更大程度的居于南京前列。

2007年1月，因有传言说区政府和教育局将把高中部校区由市中心的文化街长江路陆续搬迁到郊区的孝陵卫，原地用与商业开发而引起民愤，1月19日，学生于操场罢课静坐以示抗议，家长到校与校方交涉，区领导、警察陆续赶到协商。晚上，市领导抵达。在共同协商的情况下，教育部门和校方最终承诺不会搬迁并今后正常招生，事件得以平息。史称“119事件”。

2011年1月19日下午举办纪念南京九中一·一九事件四周年活动。