手术器械和物品的灭菌和消毒是外科无菌术最重要的环节。凡用物理方法及化学灭菌剂彻底消灭与伤口或手术区接触的物品上所附着的细菌，以防止手术感染的方法，称灭菌法。灭菌法能杀灭-切活的微生物(包括细菌芽胞等)。用化学消毒剂消灭微生物的方法，包括器械消毒、手术室消毒、手术人员的手臂消毒及病人的皮肤消毒，称为消毒法，消毒法只能杀灭病原菌与其他有害微生物，但，不能杀死细菌芽胞。
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