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中医认为本病多由于正气内虚，毒邪侵袭，正不胜邪，邪毒深窜，气滞血瘀，腐筋蚀骨所致，导致本病的病因众多，六淫、七情、五劳、六极等都对此有关，其主要病机大体有下列几个方面。
热毒内蕴
热毒是本病常见的致病因素，故本病可见于患疔毒疮疖、麻疹、伤寒等病之后，其余毒未尽，久而不解，深蕴于内，流注人骨;或因跌打闪挫，气滞血凝，壅塞络脉，积瘀成痈，蕴脓腐骨，而成死骨，遂成此疽。有人认为“火毒”始终是本病的主要矛盾。
寒湿内袭
外感寒湿，深袭于骨，久而化热，热胜则腐肉，肉腐则为脓，脓不泻则烂筋，筋烂则伤骨，而致成疾。久病不愈，阳气益耗，形寒肢冷，经脉痹阻，更形成血虚寒凝之证，病由外寒而向内寒转化。
正气亏虚
这是本病的内在病机。陈实功曰：“夫附骨疽者，乃阴寒入骨之病也，但人之气血生平壮实，虽遇寒冷，邪不人骨，凡易入者，皆由体虚之人。”体虚酿致本病者，主要是在于肾虚，盖肾主骨，临床血源性骨髓炎之发生皆在机体及局部抵抗力降低的情况下发生。