现状：一半抗生素用于养殖业
有食品工程方面的专家透露，在饲料中添加抗生素，能明显提高肉的日增重。因此在利益驱动下，滥用抗生素的现象远比大家想象来得严重。全球每年消耗的抗生素总量中，有90%被用于食用动物身上，且其中90%都只是为了提高转化率而作为添加剂来使用。
此外，虽然有规定抗生素禁止人兽同药，但是有公开的调查数据显示，在对哈尔滨市郊的30户肉户使用抗生素和激素的调查表明，土霉素的使用率达100%，而庆大霉素、环丙沙星、青霉素的使用率也高达八成。这些均属于人类用药。
以乳制品为例，根据乳业专家王丁棉的介绍，在奶牛疫病期间注射青霉素、氯霉素等抗生素后，抗生素残留通过血液进入牛奶中，一般情况下，使用药物以及之后的3-4天内，奶牛所产原奶都含有抗生素。如果在生鲜牛乳收购过程中检测不严格，就会流入市场。而长期饮用抗生素超标牛奶，会增加人体抗药性等不良后果。“奶源紧张时收购标准会降低，奶源过剩时检测要求就会很高。”曾经对奶业问题做过深入调查的中国人民大学农业与农村发展学院院长助理张利庠教授表示，而这也是行业内公开的秘密。就在抗生素使用的同时，奶农和奶站还会使用另一种药物来对付抗生素检查，就是所谓的“解抗剂”。“宁可喝酸奶也不要喝鲜奶，有抗奶做不了酸奶，而鲜奶中却不知道含了多少抗生素。”一位乳业资深人士如此告诫身边的人。
而在水产养殖中抗生素的使用也同样常见。中山大学营养学系教授蒋卓勤对媒体介绍，现在人工饲养的鱼虾等，由于养殖密度太大，很容易感染病毒。而一旦感染病毒，就会造成鱼虾大面积死亡。因此，为避免患病、减少损失，人工养殖行业在一定程度上存在滥用抗生素、氯霉素的情况。
浙江一水产经营商蔡先生则透露，现在检验检疫都是按照农业部2002年的公告《动物源性食品中兽药最高残留限量》进行的，标准里面规定了20种药物在水产品中的最大残留限量，按照程序操作，可以检测出这20种药物是否超标，“但现在的抗生素种类多，如果真的用了，你不知道他用的是哪一种，就不知道用哪种药物来标样，不一定检验得出来。”
在近期的一项公开调查中发现，中小养殖户不仅大量使用具有严重毒副作用的淘汰类别抗生素，就连人类还在试用的某些抗生素也已经用于畜禽鱼类养殖。许多畜禽鱼不是病死的，而是过量用药致死。而媒体在采访基层兽医时获悉，在饲料中添加抗生素，是抗生素不合理使用的另一原因。现在动物疾病比过去多得多，动物长时间低剂量摄入抗生素，可以削弱胃肠内有害微生物，抑制、杀死致病菌，增强抗病能力，同时可以刺激动物脑下垂体分泌激素，促进机体生长发育，从而加快增重速率。为此，一些养殖户为追求经济效益最大化，可能在饲料中添喂抗生素。
后果：“二手抗生素”或致超级细菌
医学专家称，抗生素的滥用，不仅加大了动物疾病的防治难度，同时造成了人类细菌性耐药性的增加，也直接或间接的影响力人类健康。
根据《人民日报》上周的一篇报道称，广州市妇婴医院曾抢救过一名早产儿，细菌药敏检测显示，这个新生儿对7种抗生素均有耐药性。而现在，越来越多的“耐药宝宝”正在出现，其中一个主要的原因就是畜牧养殖业的“二手抗生素”公害。孕妇在吃大量抗生素残留肉蛋禽时，很可能将这些抗生素摄入。动物产品中残留抗生素，已经成为耐药菌产生的重要原因之一。
虽然动物产品残留抗生素的量一般极低，对机体的直接毒性也很小，但长期食用后，可在体内蓄积，给人体健康带来危害。专家提醒说，经常食用含有抗生素的“有抗食品”，即使是微量的，也可能使人出现荨麻疹或过敏性症状及其它不良反应;长期食用“有抗食品”，消费者的耐药性也会不知不觉增强，等于在人体内埋下一颗“隐形炸弹”，将来一旦患病，很可能就无药可治。
而滥用抗生素的危害还不仅如此。日前在上海院士中心举办的院士沙龙上，上海交大医学院教授倪语星指出，细菌耐药性是随着抗生素的使用而出现的，一种新药投入使用两年一般就会出现相应的耐药细菌，但抗生素的滥用会加速细菌耐药性的出现，并且使一种细菌能够抵抗多种抗生素，这样就出现了“超级细菌”。有专家介绍，动物身上“超级细菌”的出现与养殖企业在动物饲料中添加了大剂量的抗生素有关。部分渔业、禽类、畜牧养殖企业为了追求效益，长期在动物饲料中添加抗生素，这些动物身上的细菌经过多种抗生素的长期选择，出现了极强的耐药性，有时，体型大的动物一生吃的抗生素比人还要多。
在“超级细菌”的警告面前，卫生部门已经开始重视医疗机构滥用抗生素的问题。有官员称，现在已着手制定抗菌药物的管理办法，对医院使用的药品中抗生素类药品所占的比例进行限定。但面对畜牧养殖业的“二手抗生素”公害，目前上没有解决对策。