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高热惊厥
研究证实，由HHV-6感染引起的高热惊厥占高热惊厥病因的30-70%.感染的证据包括从高热患儿脑脊液中检测到HHV-6DNA，HHV-6IgG抗体滴度恢复期较急性期增高4倍以上，HHV-6IgM抗体阳性等。部分患儿高热惊厥后可出现脑海马的硬化，进而引起癫痫发作。
脑炎
神经系统症状可以在发热期出现，也可以发生在热退出疹期后。脑脊液、脑电图、CT检查所见无特征性改变。SPECT检查结果为大脑半球和大脑基底核区域血流低下，支持HHV-6感染造成脑血管病变，引起脑炎的论点。从脑炎患者脑脊液中可检测到HHV-6DNA及抗体。
其它少见并发症
脊髓膜炎、面神经麻痹、急性肝炎、心肌炎、血小板减少性紫癜等。
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