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生物碱是一类复杂的含氮的有机化合物，味苦，具碱性，对人体一般都产生强烈的或特殊的生理作用，是药材中十分重要的成分。可见于一百几十个科中，以豆科、防己科、毛茛科、夹竹桃科、茄科、石蒜科植物含量较高。当一种中草药含有生物碱时，很少只含一种，往往含有几种甚至至几十种之多，由于生长地区不同、采集季节不同，它们的生物碱含量也往往有很大差别。
大多数生物碱为无色晶体，又有少数是油状液体。液体的生物碱能在常压或减压条件下被蒸馏。游离的生物碱大多能溶于有机溶剂。由于生物碱多呈碱性，所以能与酸生成盐。生物碱的盐类大多能溶于水，不溶于苯、氯仿、乙醚等非极性溶剂中，例如延胡索经醋制后，使游离的生物碱与醋酸作用生成醋酸盐，从而增加在水中的溶解度。各种生物碱具有不同的耐热性，随着温度的高低可以产生不同的变化。如马钱子经沙炒、油煎等方法炮制以后，使其中所含的番木鳖碱均有不同程度的破坏。这就达到了马钱子去毒的要求。槟榔中的槟榔碱能溶于水，是槟榔驱虫的有效成分。有的药厂为了切制饮片的方便，在水中长时间浸泡，这种方法显然是不恰当的，为了避免有效成分的大量损失，应尽量缩短在水中的浸泡时间。对于有效成分容易在水中溶解的药物，应尽量采取少泡多润的方法，以达到提高药物疗效的目的。