1.1药物本身的毒性：中药都有自己的性、味、归经，有一些中药还具有毒性，中医药早就有“十八反”、“十九畏”的古训，至今仍严格遵循。某些有毒药物，如马钱子、生川乌、生草乌、附子、甘遂、大戟、天南星、朱砂等，因炮制不良或者用量未严格控制，或者是久用、滥用，均会导致发生不良反应。
1.2药物炮制不当：某些有毒中药必须经过相应的炮制，以减其毒性、用其治疗作用。该炮制的未经炮制而用生品，或炮制程度不够，或炮制方法不当，则必然导致毒性发生。如生大黄泻下，止血则必须用炙大黄;附子必须久煎方可破坏其生物碱而减轻其毒性，临床常有因附子、乌头、马钱子煎煮不得法而发生中毒的报道，马钱子炒得轻可使其复方药物的毒性增加，LD50由1.2g/kg降至0.5g/kg.
1.3病人体质差异问题：每个人体质强弱不同，对药物的耐受程度也各异，男女有别，老幼各异，久病、新病各不相同，因此要求医生用药“因人制宜”，斟酌选药用量。有时缺少对过敏体质病人用药情况的了解，遇到含过敏物质的中药就会发生过敏反应。例如：煎服以金钱草为主的中药汤剂治疗膀胱结石和胆石症而引起的过敏性皮疹，表现全身麻疹样红色斑丘疹、搔痒难忍、心烦，停药后痊愈。
1.4擅自用药：有些病人自认为“久病成医”，本人对本病略知一二，就“照方抓药、照法用药”;还有一些病家过分迷信偏方、秘方，人云亦云，人用亦用;或听信游医药贩，随便滥用中药，而发生不良反应，甚至中毒。也有人恨病服药，多服久用，而出现蓄积毒性反应等。例如：1例枸杞子过敏的患者，自采枸杞子30g左右，洗净煎服，次晨出现双眼睑浮肿，面部皮疹，甚痒，伴有恶心呕吐，经抗过敏治疗好转。