注射用硫酸庆大霉素用量较链霉素、卡那霉素小，临床上不良反应亦较轻。
(1)本品具耳毒性，可引起不可逆的听觉、(耳蜗)和平衡(前庭)功能损害，出现听力减退、耳鸣或耳部胀满感、眩晕、步履不稳等。儿童、老年、长期用药者、肾脏功能减退患者须进行药物浓度监测，听力或前庭功能监测。孕妇慎用。
(2)本品偶可引起加尿、排尿减少等肾功能损害，但多为可逆性，患者须保证足够水分以减少肾小管损害，肾功能障碍者慎用。
(3)本品可致神经肌肉阻滞和神经毒性反应，出现无力、麻木、针刺感、颜面的烧感、颅神经损害、重症肌无力、震颤麻痹。
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