氨基糖苷类、万古霉素、紫霉素、卷曲霉素、新霉素(注射用)等可致听力减退及耳聋，老年人及幼儿尤易发生。涉及到氨基糖苷类抗生素的毒副作用有： (1)耳毒性，前庭功能失调，孕妇注射本类药物可致新生儿听觉受损，应禁止使用。
(2)肾毒性主要损害近曲小管，可出现蛋白尿、管型尿、继而出现红细胞尿;尿量减少或增多，进而发生氮质血症、肾功能减退、排钾增多等。肾毒性的大小次序为卡那霉素=西索米星>庆大霉素=阿米卡星>妥布霉素>链霉素。
(3)神经肌肉阻滞，本类药物具有类似箭毒阻滞乙酰胆碱的作用以及络合钙离子，能引起心肌抑制、呼吸衰竭等，可用新斯的明和钙剂(静脉注射)对抗。
(4)其他有血象变化、肝酶升高、面部及四肢麻木、周围神经炎、视力模糊等。口服本类药物可引起脂肪性腹泻、菌群失调和二重感染。也可引起过敏反应，包括过敏性休克、皮疹、荨麻疹、药热、粒细胞减少、溶血性贫血等。