目前临床广泛应用的喹诺酮类药物所涉及到的不良反应系统有：消化道反应，中枢神经系统反应，代谢与营养方面，皮肤反应 (光敏反应)，血液与淋巴系统反应，泌尿生殖系统反应。具体的不良反应有：
(1)细菌DNA旋转酶与哺乳动物拓扑异构酶结构功能相似性带来的干扰(DNA诱变，细胞毒性);
(2)中枢神经毒性(眩晕、困倦、失眠、头痛、痉挛);
(3)过敏反应(药疹、光敏反应);
(4)肝毒性(如谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高);
(5)肾毒性(间质性肾炎、肾功能低下者发生频度较高);
(6)造血器官毒性(粒细胞、血小板较少);
(7)关节软骨毒性(幼龄动物);禁用于围产期妇女及12岁以下儿童
(8)低血糖(机制不明)等。