1.属于配伍禁忌的药物，不能装于一斗或上下药斗中。如：甘草与京大戟、甘遂、芫花;藜芦与人参、党参、西洋参、丹参、南沙参、北沙参、玄参、苦 参、白芍、赤芍、细辛;各种人参与五灵脂;乌头类(附子、川乌及草乌)与半夏的各种炮制品、瓜蒌(瓜蒌皮、瓜蒌仁霜及天花粉);丁香(包括母丁香)与郁金 (黄郁金、黑郁金);芒硝(包括玄明粉)与荆三棱;肉桂(官桂)与石脂(赤石脂和白玉脂)均不宜放在一起。
2.形状类似而功效各异的药物，不能装于一个药斗中。如：山药片与天花粉片;炙甘草片与炙黄芪片;桂枝咀与桑寄生咀;天南星片与白附子片;血余炭与干漆炭;韭菜子与葱子等。
3.为防止灰尘污染，有些中药不宜放在一般的药斗内，如熟地黄、龙眼肉、青黛、玄明粉、松花粉、乳香面、没药面、儿茶面、生蒲黄、血竭面等，而宜存放在加盖的瓷罐中，以保持清洁卫生。
4.有恶劣气味的药物，不能与其他药物装于一个药斗中。如阿魏、鸡屎藤等。
5.贵细药品(价格昂贵或稀少的中药)不能存放在一般的药斗内，应没专柜存放，由专人管理，每天清点账物。如牛黄、麝香、西红花、人参、西洋参、羚羊角、鹿茸、珍珠、冬虫夏草、海龙、海马等。
6.毒性中药和麻醉中药应按照《医疗用毒性药品管理办法》和《麻醉药品管理办法》规定存放，决不能放于一般药斗内，必须由专柜、专锁、专账、专人管理，严防意外事故的发生。