中草药学是一门应用科学，它的内容很丰富和广泛，所以它和许多药学基础学科及专业学科有着密切的关系。
化学——中草药的医疗作用主要是由于其中所含的某些化学成分。要研究化学成分，就必须具有无机化学、有机化学、分析化学等学科的知识。不但中草药真伪优劣的鉴定常要用化学的定性定量方法，就是药用植物的栽培、采收、炮制、贮藏等研究加工，也往往要采用化学的方法来测定在这些过程中有效成分的增减和变化。因此，无机化学、有机化学和分析化学也是中草药学的基础课程。
中草药化学——这是研究中草药化学成分的提取、分离，结构测定以及探讨化学成分的结构和药效关系的一门课程。这门课程和中草药学可以起到互相补充的作用。一方面它可以使我们对中草药所含的化学成分具有比较深刻的认识，以利于进一步的研究，另一方面，中草药学的学习有助于中草药化学成分提取、分离等研究工作者对于中草药具有比较广泛而全面的知识，有利于提取、分离所用原药材进行正确的选择和鉴定，以免发生用错原料而造成徒劳无功或事倍功半等情况。
中医学基础——这门课程讲授祖国医药学的基本理论，如中医对人体生理、病理的认识证论治的原则，以及药物作用与方剂配伍等知识。通过中医学基础的学习，对于中药的临床应用可以有更好的了解，为分析中医处方和中草药制剂的组方设计打下基础。
药剂学——这是研究各种原料药物如何调制成为适于直接应用于病人的药物剂型的一门学科。中草药是调制药剂的一类主要原料，中草药学的学习有助于药剂工作者在制备中草药制剂时更好地选择原料药材及其粉碎方法、粉碎程度、浸出溶剂和浸出方法等。
药理学——这是研究药物作用原理的一门科学。通过药理学的学习，对于中草药及其有效成分的作用和用途可以有较深刻的理解。
植物学——因为中草药极大多数来源于植物，所以必须通过植物学的学习，对有关于植物的外部形态、内部构造、分类系统等知识，才能深刻了解植物药材的来源与宏观的、微观的鉴别特征，同时也可以说明二者关系的密切性。