(1)影像学检查：阴道和腹部B型超声检查是鉴别卵巢子宫内膜异位囊肿和直肠阴道隔内异症的重要手段。其诊断敏感性达97%，特异性达96%.B型超声检查可确定卵巢子宫内膜异位囊肿的位置、大小、形状和囊内容物，与周围脏器特别是与子宫的关系等。超声图像一般显示囊肿呈椭圆形、圆形，囊肿可为单房或多房，有较明显的界限，与周围组织粘连。囊肿壁较厚且粗糙不平，囊内有点状细小的絮状光点。盆腔CT及MRI对盆腔内异症也具有一定诊断价值，但检查费用较高。
(2)CA125值测定：中、重度内异症患者血清CAl25值可能会升高，但一般均为轻度升高，多低于200IU/ml.但CAl25的特异性和敏感性均局限，且与多种疾病有交叉阳性反应，因此不能单独用作诊断或鉴别诊断。
(3)抗子宫内膜抗体：正常妇女血清中抗子宫内膜抗体多为阴性，内异症患者则60%以上呈阳性。有报道其敏感性为60%～90%，特异性90%～l00%.患者血液中检测出该抗体，说明体内有异位内膜刺激及其体内免疫内环境改变。但本法目前在临床尚未普及。