常见有痛经、慢性盆腔痛、性交痛、月经异常和不孕。25%患者无任何症状。
(1)痛经和慢性盆腔痛：子宫内膜异位症最典型的症状为继发性痛经，并随局部病变的进展而渐进性加重，但并非所有患者都有如此典型的症状。典型的痛经多常于月经开始前1-2日出现，月经第1日最剧烈，以后逐渐减轻并持续至整个月经期。疼痛部位多为下腹深部和腰骶部，并可向会阴、肛门、大腿放射。部分患者伴有直肠刺激症状，表现为稀便和大便次数增加。疼痛程度与病灶大小不一定成正比。也有腹痛时间与月经不同步者，少数患者长期下腹痛，形成慢性盆腔痛，至经期加剧。
(2)性交痛：约30%患者可出现性交痛。多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因病变导致子宫后倾固定的患者，性交时由于碰撞及子宫收缩和向上提升而引起疼痛，一般表现为深部性交痛，月经来潮前性交疼痛更明显。
(3)月经异常：15%～30%患者月经量增多、经期延长或经前点滴出血。月经异常可能与病灶破坏卵巢组织，影响卵巢功能有关。部分患者可能与同时合并有子宫腺肌病或子宫肌瘤有关。
(4)不孕：内异症患者不孕率高达40%，而在不孕症患者中，约80%有异位症，其中20%患者有中度以上病变。引起不孕的原因复杂，主要与下列因素有关：
①盆腔解剖结构异常：重度内异症病灶可以导致盆腔局部解剖结构异常，如卵巢、输卵管周围广泛粘连，导致输卵管梗阻或引起扭曲，使输卵管蠕动异常，影响拾卵和对受精卵的运输功能;
②盆腹腔内微环境改变：内异症患者腹腔液中含有异常物质可导致不孕;
③免疫功能异常：异位的内膜被体内免疫系统识别为“异物”，激活体内免疫系统，产生抗原体反应，激活补体系统，细胞因子增多。多种细胞因子补体系统造成的损伤反应导致不孕;
④卵巢功能异常：异位症患者的排卵障碍发病率为l7%～27%，可能与腹腔液中PGs升高而影响卵泡发育和排卵有关;即使有排卵，患者卵泡和黄体细胞上的LH受体量减少，导致黄体分泌不足，黄体形成不良而影响受孕。此外，未破裂卵泡黄素化综合征在异位症患者中的发病率高达18%～79%，也是不孕的原因;
⑤自然流产率增加;异位症患者妊娠，约40%发生自然流产，而正常妊娠者自然流产率只有15%.流产的发生与升高的PG刺激子宫收缩及干扰受精卵着床有关。
(5)急腹痛：卵巢子宫内膜异位囊肿经常会由于经期囊内出血、压力增加而多次出现小的破裂，由于破裂后立即被周围组织粘连而仅造成一过性的下腹部或盆腔深部疼痛。如较大卵巢子宫内膜异位囊肿出现大的破裂时，囊内液体流入盆腹腔可引起突发性剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠胀。破裂多发生在经期前后或经期，部分也可发生在排卵期，破裂前多有性生活或其他腹压增加的情况。其症状类似输卵管妊娠破裂。
(6)其他症状：盆腔外组织有异位内膜种植和生长时，多在病变部位出现结节样肿块，并伴有周期性疼痛、出血或经期肿块明显增大，月经后叉缩小。肠道内异症患者可出现腹痛、腹泻或便秘，甚至有周期性少量便血。严重的肠道内异症可因直肠或乙状结肠受压而出现肠梗阻症状。膀胱内异症可在经期出现尿痛和尿频，但多被严重的痛经症状掩盖而被忽略。异位内膜侵犯和压迫输尿管时，可出现一侧腰痛和血尿。
常见有痛经、慢性盆腔痛、性交痛、月经异常和不孕。25%患者无任何症状。