和其他血蛋白一样，补体在机体内受各种因素的调节，维持其含量的相对平衡。补体成分可被血中的蛋白酶直接降解，在病理情况下补体的代谢速率反映补体的激活程度。补体活化后的酶解片段迅速在体液中失活，并很快地从循环中清除，沉着于细胞表面及组织中会被消耗或分解，例如C3在C3转化酶的作用下，生成有活性的C3a和C3b，C3b降解为无活性的iC3b，再裂解为C3c和C3dg，最后降解为C3d和C3g.血中的其他补体成分也有相似的代谢方式。
在不同疾病的进展过程中，补体的代谢速度变化非常大。临床观察补体含量时应取不同时期的标本进行动态观察，才能了解补体的动态变化。另外，补体的正常水平存在很大的个体差异，补体成分的更新也较快，故单凭测定补体成分含量，有时很难反映补体系统的激活情况，现主张应用测定补体单个成分及其相应裂解产物的方式，例如测定血清C3a、C5c、C3d等。补体碎片的连续测定，对预报有关疾病活动情况是很有价值的。
补体血清水平的变化对有关疾病的诊断具有重要意义，例如系统性红斑狼疮和肾小球肾炎时，由于补体系统被免疫复合物过度激活，导致C3接近耗竭，其他补体成分也减少;临床症状改善后，其含量又回升。遗传性血管神经性水肿时由于C1INH缺陷导致C4过度消耗，造成补体含量下降;肝病患者由于肝功能障碍导致蛋白合成能力下降，出现低补体血症。这些患者均有不同程度的对传染病和化脓性细菌的易感性增高;另一方面在发生感染时，常出现代偿性的血液补体含量升高，以抵抗外来微生物的侵入。