陈独秀认为民众有信仰宗教的自由。“信教自由，已为近代政治之定则。”凡事社会上有许多人信仰，必有其重大的理由，也是社会上一个重大的问题。基督教在中国已经传播了四五百年，信仰基督教的人也不少，在中国近代史上产生了许多重大的问题。由于不把基督教看作社会上的一重大问题，只看作一种邪教，与我们的日常生活没有关系，也不去研究解决的方法，仅仅消极地酝酿成政治上、社会上的许多纷扰的问题，因此，没有得到宗教的利益。基督教在中国之所以没有得到其宗教的利益，只是产生了许多纷扰，主要有10个方面的原因：“(1)吃教的多，信教的少，所以招社会轻视。(2)各国政府拿传教做侵略的一种武器，所以招中国人底怨恨。(3)因为中国人底尊圣、攘夷两种观念，古时排斥杨、墨，后来排斥佛、老，后来又排斥耶稣。(4)因为中国人底官迷根性，看见《四书》上和孔孟往来的人都是些诸侯、大夫，看见《新约》上和耶稣往来的是一班渔夫、病人，没有一个阔老，所以觉得他无聊。(5)偏于媚外的官激怒人民，偏于尊圣的官激怒教徒。(6)正直的教士拥护教徒的人权，遭官场愤恨，人民忌妒;邪僻的教士袒庇恶徒，扩张教势，遭人民怨恨。(7)基督教义与中国人的祖宗牌位和偶像显然冲突。(8)白话文的《旧约》、《新约》没有《五经》、《四书》那样古雅。(9)因为中国人没有教育，反对科学为神奇鬼怪，所以造出许多无根的谣言。(10)天主教神秘的态度，也是惹起谣言的引线。”如果依然漠视基督教的存在，不当作生活中的一个重大问题，仍视作邪教，自然要被基督教所抛弃。而且不但将来得不到其利益，必将在社会问题上再发生许多纷扰。既然有许多人信仰基督教，便占据我们相当一部分的精神生活，并且影响到我们的实际生活，不是什么“圣教”所能包办，更不是竖起什么“圣教”就能消灭。无可讳言，中世纪欧洲的基督教徒以信教作为幌子，压迫科学，迫害自由思想家，制造了种种罪恶。但也不可否认，欧洲文化的源泉有二：希腊的各种学术和基督教。由于近代历史学和自然科学的发展，基督教的“创世说”、“三位一体说”以及种种灵异事件，均已失去其权威，但不能因此说基督教已经破产。基督教是爱的宗教，只要不学尼采反对人类相爱，便不能说基督教已经从根本上分崩离析了。基督教的根本教义是信与爱，别的都是枝叶问题。　　陈独秀认为在科学尚不发展的时代，宗教在现实生活中还有着丰富的内容和作用。陈独秀提出要将耶稣崇高伟大的人格和热烈深厚的情感，将中国从冷酷、黑暗、污浊坑中救起。支配中国人的最高文化是唐虞三代以来伦理的道义，而支配西洋人的最高文化是希腊以来美的情感和基督教信与爱的情感。两种文化相同的源泉都是超物质的情感冲动，而不同之处在于，道义被视为当然、知识和理性，而情感则被认为自然、盲目和超理性。道义的行为，偏于后天的知识。而情感的行为，偏于先天的本能。道义的本源，自然也出于情感，逆人天性的道义自然算不得道义。但一经沦落到伦理的轨迹，便是偏于知识和理性的冲动，不是自然的纯情感的冲动。知识理性的冲动，固然不可看轻，自然情感的冲动，更当看重。情感与欲望都兼有物质和超物质的两种冲动，不能将两者分开。欲望情感的物质冲动，属于低级冲动，也是人类的普遍天性，没有东洋和西洋的区别。欲望情感的超物质的冲动，属于高级冲动，也是人类的普遍的天性，也没有东洋与西洋的区别。即使极不开化的少数民族也有其宗教。因此，东西文化的分歧，不是因为情感与欲望的偏盛，而是在同一超物质的欲望和情感中，一方偏于伦理的道义，一方偏于美的宗教的纯情感。中国的文化源泉缺少美和宗教的纯情感，不但伦理的道义离开了情感，即使是以表现情感为主题的文学，也大都分离了情感加上了伦理的、物质的彩色。而这正是中国人堕落的根源。中国社会麻木不仁，而文化源泉中缺少情感是其主要原因。“现在要补救这个缺点，似乎应当拿美与宗教来利导我们的情感。离开情感的伦理道义，是形式的不是里面的;离开情感的知识是片段的不是贯串的，是后天的不是先天的，是过客不是主人，是机器、柴炭，不是蒸汽与火。美与宗教的情感，纯洁而深入普遍我们生命源泉底里面。”情感的力量固然伟大，但也有盲目和超理性的危险。崇拜的不是基督教的传说和附会，而是耶稣崇高伟大的人格和热烈深厚的情感。

三

陈独秀认为宗教是迷信的产物，弊多利少。凡是“笃信宗教之民族，若犹大、若印度、其衰弱之大原，无不以宗教迷信，为其文明改进之障碍。法兰西人受旧教之迫害，亦彼邦学者所切齿;其公教会与柏格森，俨如仇敌。”闭佣’宗教的弊端，事实彰著，无可讳言。陈独秀一一列举了宗教的种种荒诞迷信。道教是中国国民原始思想，也是中华自古以来的普遍的国民思想。社会上的“种种迷信邪说，普遍社会，都是历代阴阳家、方士、道士造成的。”而佛教也不例外，佛教哲理认为有超物质的灵魂世界，并且承认超物质世界的绝大威权，可以左右虚幻的物质世界。佛教密宗有种种神通广大的迷信。陈独秀认为一切宗教都宣传骗人的偶像崇拜，偶像受世上尊重，其实是个无用的废物，凡是无用而受人尊重的偶像都是废物，都应该破坏。

陈独秀认为宗教依靠谎言而存在，特别提出要反对基督教会。基督教教义关于“上帝全能”和“上帝全善”说自相矛盾。“依我们的日常所见的恶事和圣书中所称的恶魔和耶稣代人类所赎的罪恶，这万恶的世界是谁创造出来的?人类无罪，罪在创造者，由此可以看出上帝不是‘非全善’便是‘非全能’。”全能又全善的上帝竟然创造这万恶的世界，真让人不可思议。耶稣一生的历史，诸如降生、奇迹、复活等奇闻轶事，都没有事实的根据。基督教义中的博爱和牺牲尽管属于教义中的精华部分，但在帝国主义的侵略之下，究竟应该为什么人牺牲?应该爱什么人?也必须有所限制，否则，盲目地博爱和牺牲，反而会制造罪孽。至于基督教会自古以来犯下的滔天罪行，可谓罄竹难书。陈独秀进一步揭露了基督教会近期的所作所为。基督教会在战争中，祈祷上帝保佑本国的胜利，致使烽火四起，尸横遍野，血流成河。各基督教民族无一不压迫远东弱小民族，教会不但不帮助各弱小民族进行抗议，反而充当了政府殖民政策的帮凶。无数的宣教师都是不从事生产的游民，反而劝导生产者服从资本家;没有一国的教会不是向资本家摇尾乞怜，没有财产的教会更是有过之而无不及。中国的青年会也是恭维权贵，交欢财主，猎人钱财，行为卑劣。无论新旧教会都以势力金钱号召，所以中国的教徒最大多数是‘吃教的人’;教会在中国所设学校，无不重他们本国语言文字而轻科学，广东某教会学校还有以介绍女生来劝诱学生信教的，更有以婚姻的关系诱惑某教育家人教的，势力金钱之外，还要以美人计来弘教，是何等下流。”纵观基督教会过去横暴和现在堕落的历史，让人不寒而栗，更无庄严可言。

陈独秀对妨碍反对基督教的言论自由进行了谴责。由于帝国主义将宗教作为侵略中国的工具，伴随着侵略者的枪炮声，西方大批基督教传教士进入通商口岸，并深入内地。北京大学马克思研究会成立后，就开始酝酿组织“非宗教同盟”。1922年1月，世界基督教学生同盟发布了将于4月在中国北京的清华学校召开第十一届大会的消息，由此而引发了一场声势浩大的非基督教运动。3月，北京和上海率先发起了非基督教运动，组织非宗教大同盟和非基督教同盟。北京学生成立了非宗教同盟，陈独秀、李大钊被选为干事。会后发表《非宗教者宣言》。3月31日，北大教授周作人等人发表宣言，以尊重宗教信仰自由作为借口，攻击非基督教运动背离宪章。陈独秀致信严辞责问：“无论何种主义学说，皆应许人有赞成反对之自由;公等宣言颇尊重信教者自由，但对于反对宗教者自由何以不加以允许?宗教果神圣不可侵略么?青年人发点狂思想、狂议论，似乎算不得什么。”闭(嘲而非基督教学生开会却被巡捕房禁止，反对宗教者的言论自由谁来保障?基督教已有许多强有力的后盾，不必劳驾诸位要求宗教信仰者的“自由”，如果要尊重真正的自由，请尊重弱者反对宗教信仰的自由。4月6日，周作人致信陈独秀，指责其利用人民的多数“压迫”少数异己的思想自由，要求尊重他们少数弱者的“自由”。陈独秀再次致信周作人，驳斥了反对基督教是禁止思想自由，是多数强者压迫少数弱者的谬论。陈独秀指出：“合乎真理与否，很难拿强弱多少数为标准，即以此为标准，先生们五人固然是少数弱者，但先生们所拥护的基督教及他的后盾，是不是多数强者，这篇帐恐怕先生们还未清算。”