接着，为了论证个体自由存在于上帝之中，谢林就将自己一下子推到了为斯宾诺莎的理性主义的泛神论体系辩护和重新解释的任务之中。海德格尔说：“斯宾诺莎总是重新引起整个德国唯心主义思想的注意，并且同时也把他们置于矛盾之中，因为他使思想从绝对者开始。” 上帝作为一切存在的根据的斯宾诺莎泛神论必须被证明，它同时也是每一个个体得到其独立性的体系。也就是说，斯宾诺莎的泛神论并不象通常不假思索地认为的那样，是与莱布尼茨的单子论相对立的，恰恰相反，无限实体只是相对于有限而言，但是它并不排斥特殊性，而恰恰要以承认特殊性为前提的。(I/7，344;页266)谢林以莱布尼茨所理解的“先行与随后”关系的同一性概念打通了斯宾诺莎与莱布尼茨二人的体系。(I/7，342;页264)这样谢林就完成了第一步，确立了这一体系的实在性。

要克服斯宾诺莎冰冷僵硬的决定论体系，关键的步骤是要给他输入费希特的先验唯心论的鲜活温暖的精神气息，将意志和生成的概念引进整个体系之中。(I/7，350，359;页271，279)我们应该指出这两个概念在莱布尼茨的思想中就已经占有了重要的地位。就象在后来的叔本华和尼采的哲学信念中一样，莱布尼茨的“永恒生成”的概念认为，没有存在，只有永恒地生成。然而费希特的独特之处在于将这两个概念视为绝对者的“自我”的本质特征，他以对绝对同一者的意志和生成克服了康德的现象与自在之物之间的分裂，这就是德国唯心论的开端。但是费希特将这一同一者视为精神性的“自我”，并由此建立了他的伦理学体系，在谢林看来，他的伦理世界秩序还不过是一种失去了实在性的单薄的体系。(I/7，337;页259)不过，归根结底，谢林认为费希特的观念论的自由所达到的高度无疑是对斯宾诺莎的片面实在论体系的突破，因此也是他的思想的出发点和他体系区别于斯宾诺莎体系的特征。这就是谢林论文结尾那最后一句话的含义。《自由论文》显然还不是谢林所构思的整个自由体系，而只是它的一个导论而已。

实在性和精神性的贯通是谢林自我担负起来的哲学使命。(I/7，333，350;页255，271)谢林对斯宾诺莎和莱布尼茨的综合在于“生成”、“意志”、“根据”和“启示”等关键概念上的突破——整个体系自身就是生成的，是基于上帝的原初意志的，是基于作为根据的上帝的，是上帝启示自身的级次，因此，自由才可以从自我扩展到整个自然?—上帝之中。在解释完体系的实在性和精神性之后，谢林着手解释自由概念的实在性问题。因为在他看来，康德在《实践理性批判》中所完成的，恰如康德本人所说的，只是自由的形式的概念。 也就是说康德只是一般性地建立了自由的形式的、先验的原理，远远没有触及自由的实在性，当然更不用提费希特了。谢林建立自由的实在的和生动的概念的关键是他建立了恶的实在性概念，并进一步在笛卡尔、斯宾诺莎和康德等人的“善的意志”的观念“自由是致善的能力”之上加上了一个“恶”字，并将恶的可能性建立在人类的自由能力之中，即能善“与”恶(I/7，352;页273)。就此而言，谢林使此前的观念显得仍都是古典的。就象柏拉图和奥古斯丁一样，斯宾诺莎也同样将恶视为善的缺失，因而将二者无差别地置于其理性主义的体系之中。谢林在得到自由的生动的概念之后马上就遇到新的困境，被提高到费希特的唯心论高度的斯宾诺莎体系必须回答最为棘手的莱布尼茨在《神义论》中提出的那个经典的问题：“恶从哪里而来?若是上帝存在，那么怎么能有恶呢?如果没有上帝，那么怎么又可能有善呢?”

为了回答这一问题，谢林首先运用了从康德那里学得的对恶的可能性与现实性的区分。这是只有到了康德那里才能做出的一个极为重要的区分。恶的可能性正是基于人类自由的本质之中，而人的自由又基于上帝之中，因此，在上帝之中必然有人致恶的可能性。难道要象有些民族神话和宗教中所说的那样，在上帝之中存在着一种善与恶的二元论或“双重意志论”吗?谢林在此特别救助于波墨的神智论的神秘主义的两个重要的思想来改造斯宾诺莎的上帝的自因概念：一个是艾克哈特和波墨的无根据的、甚至是“无”(的上帝的概念;另一个是波墨的自我分裂的三位一体地启示自身的上帝概念。

“波墨(1575-1624)是第一个德国哲学家。他的哲学思想内容是真正德国气派的。波墨哲学中最值得注意的最优秀的东西就是上述的新教原则，即把神灵世界纳入自己固有的心灵，在自己的自我意识里直观、认识、感觉过去被放在彼岸的一切。事实上，也是由于有了他，德国才出现了具有独特风格的哲学。” 这是黑格尔对波墨的评价。德国现代哲学的起源正是德国神秘主义和路德新教神学，它们使得德国哲学家的民族气质和德国哲学特殊的样式。 无论谢林，还是黑格尔，他们都是德国神秘主义传统的继承者，也都是新教神学的哲学改造者。黑格尔和谢林都吸取了波墨的神之自我离异并作为恶的来源，以及三位一体启示在一切事物及其性质之中的思想。虽然是巴德尔在德国掀起了“波墨复兴”，但是谢林是被公认受波墨影响最大的哲学家。 在《近代哲学史》中谢林对波墨同样推崇倍至。谢林不仅采纳神智论的思想建构自己的同一哲学体系，还采用了许多波墨的用语如无根据以及夜与昼，爱与恨等隐喻。在《自由论文》中我们可以看到在善与恶之间，在光明与黑暗之间，在普遍意志和私己意志之间，在存在和存在的根据之间，在人的自由生存与他的本质(上帝)之间充满了波墨式的斗争。

受到波墨的两个概念的启发，谢林在结束了论文的导论(I/7，336-357;页258-277)之后，以区分上帝之中的存在(Existenz)与存在的根据(Grund)开始了正题的讨论。谢林一开始就指出，存在与其根据的区分始于他自己向布鲁诺的自然观念回归的自然哲学，最初见于其《我的哲学体系的解说》之中，稍后见于他和黑格尔一起出版的《思辨物理学杂志》。但是，论到上帝之内而非自然之内的这种区分，主要还是基于斯宾诺莎的思想。根据斯宾诺莎的思想，任何事物都不是独立存在的，它的存在总在别的事物之中具有某个根据的。从这一思想出发，斯宾诺莎定义了上帝与世界或者说自然的区分，即自因的概念。斯宾诺莎认为上帝在其自身之中具有自身独立的根据。但是，斯宾诺莎的体系也同时暗示，自在的上帝是不完满和不可知的上帝。这也就敞开了通往波墨之路——上帝之中具有某种混沌、黑暗和深渊般的东西，具有某种不是上帝本身的东西，因此，也是上帝必须要克服的东西;并且上帝必须通过分裂和出离他自身才能克服这种东西。这就是上帝之内的波墨式的原始斗争：上帝之内的自然与精神，上帝自身与不是上帝但同时又作为上帝根据而与其一起存在的东西。对于谢林来说，这才是真正的活的自然与活的人的人的活的上帝。在上帝之内的这种创世之前的无时间性(传统称为“永恒”)的、必然性(但同时也是自由)的同一性，只有经过善恶的“两极”分化，再经过自然、精神、爱的“级次”地启示出自身，启示为差异的、级次的世界，才能成全上帝自身的神的理智(原理智)与神的意志(原意志)，上帝才真正地、永不停息地“生成为”上帝。谢林认为，只有这样的“二元论”和启示概念，才可以说是唯一正确的。如果从谢林的思想来看，蒂利希的上帝作为存在的概念其实并不模糊，上帝作为存在同时既是存在本身，又是存在的根据，又是作为所有存在者的根据的存在。

到了这一步我们可以提前地说，谢林解释人类自由的本质的成功之处与其说是神学的，不如说是首先是从其自然哲学开始的本体论的;与其说是引进了泛神论的体系，不如说是通过唯心论的同一哲学和神智论的神秘主义改造了体系的最高的概念，即上帝的概念。这一思路就解释了谢林为何在论文之中多次讨论了同一性、系词、原初的无时间性和无语词性等问题。这也就是为什么海德格尔要盛赞谢林的思想达到了最高的本体论神学的高度。

在上帝的神性的自由概念上取得了突破之后，谢林接下去要讨论上帝之内的区分在人之中是如何启示出来的。上帝在自身之内包含他自己存在的根据，由于存在与存在的根据是截然不同的，所以就不得不又悖论(或辩证)地说，上帝在自身之内既包含他自身，又包含不是他自身的他自身的根据，而这一根据他自己却“尚未”能认识，他渴望能认识到。因此，在上帝平静的被封闭着的内部，孕育着上帝生成自身、从而认识自身的无限的渴望、冲动和原意志。于是上帝从他的根据之中跃出来，就象光冲破了重力，生物冲破了胚胎或种子。这就是上帝的自我启示，同时也就是上帝的创世(天、地、人、万物的创造)。上帝的创世就是上帝在自然和人之中展开和启示自身。上帝将自身之内的以原初的爱的意志的纽带所连接的自然和精神，以不同的级次启示在自然和人身上，但并不是以截然分裂的方式分别地体现自然与人之中的，因为按照谢林的自然哲学，自然之中也生育着精神，而人也有其自然。也就是说上帝之内的区分同时在自然与人之中，只是级次有所不同。