(1)仅仅用“科学的逻辑”并不能解决科学与其他学科、文化之间的关系问题,因为这些学科、文化超出了自然科学的范围和能力,自然科学的范式和思维方法固然与其他学科具有统一性、共性,但并不是所有的自然科学方法都可以简单地、无原则地扩展到其他学科,片面追求精确、单一意义的所谓纯粹的科学性恰恰在最具有科学性的数学和逻辑学领域行不通。现代数学的发展表明,研究精确现象的数学是经典数学、线性数学,这仅仅是数学的初级形态,因为线性现象极为稀少,非线性、模糊、复杂才是世界的主流和真相,线性的现象只是非线性现象的特殊表现形式,就此而论,科学主义所谓的科学性恰恰是不科学性。比如,语言分析哲学曾经认为,哲学问题最终可以归结为语言问题,因此哲学研究就是进行语言分析。经过语言分析之后,传统哲学的问题要么是伪问题,要么可以化为科学问题加以解决。由于传统哲学应用的是模糊的日常语言,因此引起了哲学思维的混乱。这样,哲学问题就可以或就应该通过建立精确的、单一的科学语言来解决。虽几经努力,但这种理想最终以失败而告终。在模糊数学中,扎德所揭示的不相容原理指出：随着系统复杂性的增加,我们做出精确且有意义描述的能力相应降低,直到一个界限,此时,精确性与有意义性互相对立。这表明科学主义并不像它自己认为的那样是万能的。维特根斯坦是科学主义的主将之一,到了后期,明白了一个与科学主义的思想正好相反的道理：不可能完全消除命题内涵的不确定性和歧义性。伽达默尔则更进一步揭示出,与科学主义认为的正好相反,日常语言是开放的、多维度的、自我调整的复杂世界,其多义性或模糊性正是其优势所在。事实上,任何逻辑的或数学的语言都不能彻底表达日常语言的丰富内涵,所以黑格尔指出：哲学不需要特殊的语言。其原因正如海德格尔所说的那样：表达是否清晰和准确,问题不在于语言,而在于思维和思想。说到底,语言分析哲学欲以科学语言来解决哲学问题事实上是经典科学的线性思维方式在哲学上的精致化。面对世界的非线性之复杂内涵,运用线性思维方式加以把握、理解是力不从心的。

(2)科学本身的根据何在?为什么只有自然科学才是真正的科学?这些问题科学主义并没有也不能真正给予回答。事实上,科学主义试图在科学与非科学之间划界的努力一直没有真正成功,这正说明其前提有问题,最关键的问题在于：科学与非科学的界限是不能仅以科学为准单方面来划定的,而必须在科学与非科学的整体中、全局中划定,就此而论,科学主义不可能完成其给自己提出的任务,也无法真正说明到底什么是科学,什么是非科学。

(3)科学主义的科学或科学的哲学必须拒斥哲学的观点是根本不理解科学的真谛的说法,事实上,一方面,科学研究到最深邃之处就必然、自然进入哲学的境域;另一方面,科学的动力和根源是甚至只能是哲学的,如霍金所说的：今天我们仍然渴望知道,我们为何在此?我们从何而来?人类求知的最深切的意愿才是我们从事科学探索的正当理由。因此拒斥哲学就是拒斥自己的命运,西方科学哲学界在20世纪后半叶越来越高的重建哲学的呼声实际上表明科学主义拒斥哲学的立场已经被否定。

(4)科学主义认为的哲学不能研究超验的问题这种观点也是错误的,每个人都具有对超验问题的终极关怀,而且这种终极问题的解决不能仅仅付之以信仰,而必须要亲自实证,仅仅信仰而不能实证归根结底是虚妄的,找不到真实的自我。当然,这一问题就不是科学主义所能解决的,因为这一问题已经远远超越了科学主义的范围。