首先是自律组织不健全，据统计在目前近千家证券商、中介机构中，加人中国证券业协会的团体仅为121个;其次是自律组织管理混乱，现阶段的自律组织，形式上由两个证券交易所及其证券公司、中国证券业协会和地方证券业协会组成，但实际运行中，各方彼此独立，地方证券业协会隶属关系各异，难以协调工作，中国证券业协会和地方证券业协会大多属于官办机构，机构负责人多是由政府机构负责人兼任，与《证券法》规定的自律组织是通过对自身会员的自身约束、相互监督起到对政府监管的补充作用的精神相矛盾。另外，作为证券市场的组织者，上海、深圳证券交易所，由于管理机制不同，对证券监管力度也存在差异，致使各证券交易所在执行仲裁和行使惩戒职能时会出现不一致，所以，证券交易所的一线监管作用不强。

(三)现行证券法律存在一定的局限性，增加了监管的难度

我国现有的法律框架还不完善。其一，缺乏相应配套的实施细则和相关法律，如《证券交易法》、《证券交易所法》、《投资公司法》等有关法律尚未出台，这不仅使国内现有的交易行为缺乏必要的管理依据，而且证券法规体系不完善，不可避免的带来可操作性差等问题。其二，在具体的交易规则等方面，影响公平、公正交易的因素尚未得到有效禁止，如《公司法》缺乏有效保护少数股东权益的条款，这也不符合国际惯例;其三，在法律体系的协调方面存在不足，最突出的是地方法规和全国性法规的矛盾;其四，对证券市场证券商的规范化管理和监督执法存在局限性，尤其表现在对一些特殊主体监管不力，如对少数证券公司在从事证券及非证券自营业务时存在的违法、违规行为的监管和处理缺乏力度。

(四)政府监管职能错位

与成熟市场经济国家对资本市场的监管相比，我国政府的监管存在明显的职能错位，这也是我国目前证券市场中存在的最大的问题，并由此造成了政府管理效率下降和行业自律作用削弱。目前证券监管部门疲于应付证券市场中不断出现的经常性问题，缺乏中长期的证券市场战略规划研究;同时在监管手段上，仍注重计划与审批手续，将指令性管理手段照搬于证券市场，这种违反证券市场操作的强制性管理方法成为证券市场秩序混乱的诱因，也是几年来证交所自律作用微弱，证券协会形同虚设，发挥不了应有的自律功能的主要原因。

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