它难就在立法的5个难点上：
1是体制“僵局”问题，争论集中在分段管理上，关于这一问题的讨论，在4次常委会审议和7次全国人大法律委逐条审议中一直延续。
草案一审稿中并未规定卫生部牵头监管，仅规定了各级卫生行政部门在食品安全事故中对病人的医疗救治和各级疾控中心负责事故调查。
草案二审稿中，对卫生、质监、工商、食品药品监管部门的具体监管职责给予了明确，但是一些全国人大常委会组成人员提出，虽然明确由卫生部牵头监管，但各部门责任交叉依然比较突出，且行政级别相同，协调难度大。有的常委直言：“现行监管体制不改，食品的安全状况很难有大的改观”，一些常委提出，食品安全必须实行或者明确一个主管部门负责;另一些常委则建议，成立一个跨部门的机构来进行综合协调和管理食品安全。国务院根据常委会的审议意见，建议推迟原定的审议计划，对食品安全监管体制等问题作了进一步研究论证。最终食品安全法明确，国务院设立食品安全委员会，以协调、指导监管工作。
2是食品安全法与农产品质量安全法的关系问题
农业部门和卫生部门分歧较大，特别是有关农产品的质量安全标准的制定和有关食用农产品安全信息的发布，以及涉及食用农产品质量安全事故的查处等方面由谁主导上，一直争论不休。
3是食品安全法和产品质量法的关系问题
质监部门和卫生部门也存在明显的分歧，特别是在食品安全标准的制定和发布上，以及检验机构资质认定条件和检验规范的制定上。
4是食品添加剂问题，有的提议废止使用食品添加剂，有的则提倡，各抒已见。
5是保健食品的问题：有的认为它不是常规食品，不应纳入本法，直到4审稿才纳进来。
(四)为什么食品安全法在4审时必定通过?
1、不能在体制“僵局”上纠缠不休
为了突破“僵局”，4审稿中增加了“国务院设立食品安全委员会，其工作职责由国务院规定”和“国院院根据实际需要，可以对食品安全监督管理体制作出调整”规定，为将来进一步理顺体制留下伏笔。
2、必须解决食品安全监管主体执法有据的问题。
3、指导地方政府实施体制改革。
4、在全国人大和政协会议召开前通过食品安全法，有利于统一对食品安全问题的认识，有利于正确理解《食品安全法》的立法宗旨和立法精神，有利于推动《食品安全法》的贯彻实施，充分发挥人大的监督作用。
二、食品安全法主要内容介绍
食品安全法共分十章、一百零四条，其涵盖的内容大大超过食品卫生法九章、五十七条。
(一)关于食品安全监管体制
《食品安全法》确定了“分段监管”的体制，但有新的规定。
1、实行“分工负责与统一协调相结合的体制。”
分工负责：即授权国务院质量监督、工商行政管理和国家食品药品监督管理部门依照食品安全法和国务院规定的职责，分别对食品生产、食品流通、餐饮服务活动实施监督管理。
统一协调：即国务院卫生行政部门承担食品安全综合协调职责，负责食品安全风险评估、食品安全标准制定、食品安全信息公布、食品检验机构的资质认定条件和检验规范的制定，组织查处食品安全重大事故这六大职能，起到统一规范“分段监管”的作用。
2、明确了地方政府负总责，县级以上地方人民政府统一负责、领导、组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作，建立健全食品安全全程监督管理的工作机制;统一领导、指挥食品安全突发事件应对工作;完善、落实食品安全监督管理责任制，对食品安全监督管理部门进行评议、考核。“垂直的条条管理”服从于“地方的块块管理”。
3、为防止各食品安全监管部门各行其是、工作不衔接，食品安全法规定县级以上卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门应当加强沟通、密切配合，按照各自的职责分工，依法行使职权，承担责任。实行“无缝衔接”。
4、为了使食品安全监管体制运行更加顺畅，食品安全法规定，国务院设立食品安全委员会，其工作职责由国务院规定。
5、食品安全法授权国务院根据实际需要，可以对食品安全监督管理体制作出调整。
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