王全意不仅在非典防控、抗震救灾和奥运保障工作中做出了重要贡献。作为一名公共卫生医师，他在公共卫生研究中也取得了重要的成绩。他1996年起在国内较早开展了艾滋病的社会行为学研究，为我国早期艾滋病政策的制定提供了理论依据。2006年完成全国公众结核病防治知识态度行为调查，建立了我国公众结核病知晓率指标体系，为我国结核病健康促进工作提供了重要的基础数据。他先后完成国家863、卫生部、世界卫生组织、世界银行、全球基金、北京市自然科学基金资助项目十余项，发表论文80多篇，获省部级科技成果奖1项。
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