儒释道的互通或三教合一在明代是普遍流行的观念，并已成为统治者所推行的一项基本国策。明太祖朱元璋首开明代三教合一风气之先。朱元璋在即位的当年便声言：“天下甫定，联愿与诸儒讲明治道。”此道虽出于儒，但却为三教所共同信奉和阐扬。三教合一的含义，就是三教既并立又合一。朱元璋带头鼓吹三教调和，太祖以身兼帝王与教主的双重身份对三教进行改造和利用，以圣人自任，推祟儒教为国教，同时倡导三教合一，运用国家政权和帝王权威对三教进行多方面的改造，使之完全置于专制强权的控制下，沦为政治的奴仆。实有鉴元代之失和拨乱反正之意：在维护封建统治的历史过程中，儒家学说确曾充分发挥过它的效能，但也暴露出不少弱点，儒学以人本为主，以治国为目的，多伦理说教，而缺乏治心手段，没有一种对人生的最终安顿与终极关怀。因此，三教合一至明代时深入到社会各个层面，三教合一论的基本出发点是三教都从不同角度、以不同方式来宣扬三纲五常，维护封建统治。
朱元璋在他即位的当年便召见名僧，举办大法会，并为各寺院选派住持。此后几乎每年他都要率文武百官参加法会，并专为佛教事宜下达了若干的“圣旨”。他还身体力行地撰写了大量的佛教论文，以期佛法普被而天下治。传统儒学对鬼神之说是持不可知的态度的，对于各种祭祀的强调至多不过是一种慎终追远的意义。而太祖不仅明确肯定他对鬼神的存在“信之不疑”，而且宣称“今朕有天下，敬礼百神，于先师礼宜加崇”，又称孔子故里为“启圣降神之地，庙宇废而不修，将何以妥神灵，诏来世?”视孔子亦成为百神之一。
宗教与政治的一元化，是三教共同的价值取向。君师合一、政教合一是历代加强集权控制的方向。政治上的空前统一需要对社会与文化各方面进行更严格的控制。儒、佛、道三家的三教合一思想作为一种成熟的社会思潮，在一定程度上适应并强化了特定的社会经济、政治结构。它的形成是社会经济政治与意识形态之间互动关系的结果。这一思潮的历史意义不仅在于它完成了三教之间的理论整合，而且在于它对宋以后的哲学史、思想史的发展都有着深远影响。这主要表现在两个方面：一是它促成了理学的形成;二是它造就了以“和合”为特征的深层民族心理结构，从而对中国封建社会后期的稳定、巩固产生了重大影响。
明代儒释道三教合一，是以儒家学者为中心，儒释道互为影响，最终导致佛、道的世俗化以及儒学的通俗化。明代社会提倡忠、孝、信、诚等伦理外，许多著作中还多反映了苦己利人思想，多有下层劳动人民的伦理内容：谦卑、容忍、宽厚、柔和、救济患难、恤孤念寡、济物利人等思想基本是对佛道人世苦行、苦己利人等伦理的继承和发扬，也是与人们现实生活密切相关的伦理规范，极容易为下层人们所接受而渗入日常生活中成为世人所称赞的美德。
统治者推行的以儒为主三教合一的政策，也反映了相对衰落的佛、道二教为挽救自身的颓势而争相向儒家靠拢的历史事实。故三教合一虽为包括儒家在内的各派学者所一致认同，但儒家基于对自身力量的认定，其“合一”主要是承认佛道的理论也有相当水准并且与儒相通。故公开提倡三教合一并为此不遗余力地加以论证者，主要还是表现在佛道二教学者的论述之中，争相将出世的宗教哲学与人世的世俗哲学进行比附和会通。
由于明代是儒道释三教合一论的重要发展时期，虽然佛教作为一种强大的意识形态在中国历史上一直影响着社会发展的各个层面，宗教思想一直影响着下层平民百姓的日常生活之中，但是在明代统治者为了加强其中央集权的统治力度，同时相对衰落的佛、道二教为挽救自身的颓势而争相向以“修身齐家治国平天下”的儒家靠拢，导致世俗伦理道德观成为三家宗教思想的共同的核心内容，这种变化趋势在毗卢寺水陆画中得到充分体现，同时这些内容直接构成中国传统文化的有机成份，并与民问信仰等民俗融为一体，成为影响下层民众日常生活的思想基础。
世界上的宗教，无不重视用艺术形式来宣传教化，尤其是美术。佛教传人带给中国美术全新的内容，极大地丰富了人物群像的塑造。单就题材而言，就新添了变相画、经变画、供养人画等品种。这种经变、变相的创作，至唐而臻于极致，出现了吴道子、张孝师等一大批杰出的美术大师。他们创作了数以千万计的作品，遍布于大唐帝国的都市胜刹、乡村梵宇，教化了无数的民众。<唐画断>即谓吴道子画“地狱变”，“都人成观之，皆惧罪修善，两市屠沽鱼肉不售。”而佛教中的人物造像，更是丰富多姿。姿态各异的佛、菩萨、罗汉的塑像和画像，无不引起善男信女对佛国清净世界的向往。佛教美术中所表现出的丰富的人文精神，渗透到了中华民族的文化传统之中，寓教义于艺术形象，直接去感化芸芸众生，这是自佛教形成乃至传人中国以来一以贯之的历史事实。如莫高窟254窟的“摩诃萨·本生”所绘的摩诃萨舍身饲虎和275窟“尸毗王·本生”中尸毗王割肉贸鸽的壁画，体现了佛教舍己救人、勇于自我牺牲的精神，这与儒家提倡的“杀身成仁”、“舍身取义”相契合;其285窟“须菩提品”之孝子故事，亦与儒家古老的孝悌观念相符;而33窟、113窟等大量描绘西方净土世界的壁画，则表现了人们对美好事物的向往和追求。凡此种种，皆是大乘佛教所倡导的精神，它们一直流淌在华夏民族的血脉之中。
水陆法会到明清之际几经融揉增益，形成了儒释道三教合流，集政治宣教与宗教宣教于一体的宗教活动。不仅设法会有了专殿，而且所挂之水陆画也绘于殿堂四壁，以壁画的形式固定下来，供人们随时拜谒。
毗卢寺水陆画起到了宣扬因果报应和生死轮回观念，主张在世问忍受各种凌辱和痛苦，求得死后脱离苦海，升人天堂。这些佛教壁画归结起来都有这样的特点：一、以象托禅。即以感情直观形象将玄奥晦涩的佛理显明化、通俗化，乃至世俗化，使其较易被一般信众接受理解。二、以情喻理。一种是威严神秘的震慑之情，通过天国地狱，诸方神怪的刻画而使人敬畏，达到劝善惩恶的目的;另一种是将心比心的感化之情，或以世态人情相喻，或以乡俗风情相感。先动之以情，后晓之以理。离合悲欢，生老病死，都为关照那万念皆空的禅理;千般色相，万种情欲，亦可成为经历劫数，参悟大化的契机。
毗卢寺水陆画保存的图像和文字，为宗教文献的研究提供了新资料，特别为斋戒、祈愿、抄经等文献的识读和解释提供了直接参考。敦煌藏经洞发现的寺院文书和寺院佛事范文中有许多与水陆法会有关的文献。如燃灯文、启请文、结坛文、供佛文、发愿文，忏悔文、散食文、放生文等。过去一直弄不明白这些文献的用途，现在我们将水陆画同这些文献对照研究，就会搞清这些敦煌文献的真正用途。这样就为敦煌学打开了一个新领域，增添了一个新课题。
毗卢寺水陆画是一种弥漫着浓厚宗教色彩的艺术。在绘画中蕴藏着一种对社会和人生底蕴的思考，贯穿着对于时代生活和现实的凝视，以及对美好生活的冥想，从而成为对社会道德处境的复杂暗喻和对人生善恶因果的警示，通过具象的视觉，关注着整个社会现实中人的生活状态、精神状态、而不是个人的悲观沉浮。壁画中通过天堂地狱的对照、人神处境的悬殊、善恶结果的迥异，向世人警告，只有虔心向善，才能脱离苦海，形成了一幅面向一切人生的抑恶扬善的教化图，从而陶冶世情。净化心灵。这正是毗卢寺水陆画所表现的宗教意义。水陆画中所宣扬的这种“善恶报应”，正是中国传统民俗心理的具体表现，是一种宗教文化所蕴含的精神深层的自我抚慰和无奈的显现，是千年一脉的宗教文化的魅力所在。
毗卢寺水陆画正是在这种浓厚的三教合流的政治和文化的背景下，在时代画风的熏染滋养下，民问艺匠们充分利用壁画的性能，创作出来的艺术杰作。它所反映的三教合流所形成的教化思想，正是明代宗教文化的主导和趋向。这正是毗卢寺水陆画深沉厚重的宗教意义之所在。