如何在档案管理中把握这种关系呢?一个现实的问题是，当我们接收一个单位的传统载体档案和电子文件时，电子文件的目录是应该单独建立数据库还是并入传统载体档案目录数据库?如果单独建立电子文件数据库，那么同一份文件既有传统载体又有电子文件，在档案统计时如何计算?这些都是电子文件管理的细节问题，但是尴尬的是在档案界对电子文件进行的大量研究中我们很难找到这些细节问题的答案，甚至是解决思路，而这些细节又恰恰是我们开展实际工作必须解决的问题。
2、电子文件管理的指导和实践之间存在错位
在所有关于电子文件管理的政策、标准、规定中，都把电子文件以及电子文件归档后产生的“电子档案”看做是真正意义上的文件、档案。而在实践中，几乎所有的地区和单位都依然把传统载体档案当作真正的档案(即便它是根据“双套制”原则由电子文件生成的)，而电子文件仅仅作为这些传统载体档案的一种更为方便利用的形式。换句话说，如果我们把所有的电子文件看成是传统载体档案经过数字化加工而形成的电子副本丝毫不影响工作。究竟是电子档案还是传统档案的电子副本，表面看起来是个定义问题，是个看问题的角度问题，但实质上这个问题关系到我们电子文件管理研究和实践的重点应该放在哪里。
3、跛足的“双套制”
现阶段电子管理的一个重要原则就是“双套制”，即“具有永久保存价值的文本或图形形式的电子文件，如没有纸质等拷贝件，必须制成纸质文件或缩微品等。归档时，应同时保存文件的电子版本、纸质版本或缩微品”。这个原则从一出台就在学术界饱受诟病，被指为保守、落后，阻碍电子文件管理的发展。如果说学界的批评还多少包含理想化的成分，显得有些激进，那么在实践中“双套制”带来的困难已经开始真正阻碍电子文件管理的发展。现有的“双套制”是不彻底的双套制，仅仅是片面强调电子文件的纸质化，而没有把传统载体档案的数字化与之结合起来。这就使得传统载体档案特别是纸质档案和电子文件不是严格的一一对应，一方面很多纸质档案没有电子副本，男一方面并不是所有的电子文件都生成了纸质版本。传统载体档案与电子文件并存但不能一一对应，这种不彻底的“双套制”无论对于机关档案室对电子文件的保管和利用还是对于将来向各级档案馆的移交都带来了很多问题。
三、从实践角度对电子文件管理对象的再认识
电子文件管理是信息时代档案工作面临的最严峻挑战，是一项长期而艰巨的任务，对此我们必须有清醒地认识。电子文件管理必须依据统筹规划、分步实施的原则，有计划、有重点、循序渐进地展开，不能一蹴而就。开展电子文件管理实践的首要问题就是要明确电子文件管理对象，根据电子文件的不同性质和特点有针对性地开展工作。
我认为纳入档案管理的电子文件可以大体上分为三类，即原生性电子文件、电子副本和资料性数字信息。
原生性电子文件是指在计算机中产生，并且在实际业务活动中本身具有法律效力的电子文件，或者说是符合《电子签名法》的要求，能够直接被法庭采信的等同于书证的电子文件。只有这类电子文件是真正意义的电子文件，或者说是当前电子文件管理学术研究中真正关注的电子文件。只有这种电子文件才需要我们去前端控制、去全程管理，需要我们运用IS015489、IS023081的原则，需要我们记录多达百项的元数据来确保其真实性、完整性和有效性。这种类型的电子文件在我们身边随处可见，从自动取款机提款到各种电子消费，从企业网上年检到网上申报纳税，这种电子文件在社会生活中发挥着重要作用。但是从档案管理的角度来看，或者更明确地站在档案事业的主体——档案馆的角度来看，这些电子文件并不是重要的档案，甚至绝大多数都不在接收进馆的范围内。虽然不进馆的定期档案我们也要管理，但是对于电子文件管理而言长期保存才是难题所在，而对于短期保存我们完全可以相信技术部门有很好的解决方案。
电子副本，也可称为传统载体档案的数字化副本。它包括除了我们通过传统载体档案数字化工作生成的电子文件外，还包括几乎所有OA系统产生的电子公文。虽然在一个有较为完备的OA系统运行的单位中，纸质文件的产生后于同内容的电子文件，严格来说纸质文件才是副本。但是由于在现行的法律框架和管理体制当中，纸质文件才是最终具有法律效力的文本，所以我们完全可以把电子文件视为纸质文件的副本。这种角色的转换可以避开电子文件管理中最复杂、最核心的问题，即电子文件真实性的长期保存，因为作为副本其真实性的判定有一个简单的方法，即与原件相对照。因此，只要一份电子文件存在着一个同内容的具有法律效力的传统载体的文本，我们就可以把这份电子文件看做是电子副本，我们对这份电子文件的管理就可以集中在完整性和有效性保障方面，而电子文件的完整性和有效性就当前的理论和技术而言都是有着充分的保障的。
除了上述两种电子文件外，还有一类电子文件也应纳入我们管理的范畴，即资料性数字信息，主要包括各种数据库、网站等。这种类型的数字资源并不是严格意义的档案，因为它们都是由更原始的电子文件所包含的信息组成的。它们类似于传统档案中的编研材料，虽然不具有凭证价值，但是由于在实际中发挥着重要作用，可以作为研究查考的资料。
在三类电子文件中，电子副本存量最大、利用效果最明显、管理条件也最成熟，应该作为实际工作的重点。资料性数字信息对于丰富馆藏资源、扩大档案服务范围具有重要作用，应该积极主动、创造性地开展收集工作。而原生性电子文件，是未来档案工作需要解决的问题，现阶段应持续开展研究，从源头上保证其真实、完整、有效。