规划区县专业档案的归属与流向要在遵循“统一领导、分级管理，维护档案的完整与安全，便于社会各方面利用”的基本原则和“重点发展原有各级国家综合档案馆，根据需要适当建立部门档案馆，把国家档案馆网建设成为结构合理、分工明确、关系协调、管理科学、具有安全保管与充分开发档案信息能力、为社各方面提供优质服务的有机整体”的档案馆设置与布局原则基础上，遵循以下具体原则。
1、明确档案的终极归属，维护国家记忆
区县档案馆作为国家长久保管档案的基地，承担维护本行政区各项事业历史真实面貌的职能，自然也是各类具有长远保存价值档案的终极归宿。市级专业档案馆是收集、管理某一领域或特殊载体档案的国家档案馆，具有终极保管某一领域档案的职能，可以由省、自治区、直辖市或特大城市根据需要设置。部门档案馆是各专业主管部门为收集、管理本部门及直属单位有关档案、资料的档案馆，是国家档案馆网布局的组成部分，可以由省、自治区、直辖市或特大城市根据需要在形成专门业务或科技档案数量大的专业主管部门设置。按照国家现行规定，
部门档案馆中记录党政领导和行政管理活动的具有永久保存价值的档案，保存50年后应向各级综合档案馆移交。部门档案馆是档案的过渡性保管机构，不是永久保存档案的最终归宿。
当前，针对各类专业档案大量涌现以及专业档案在形成、保管、利用上的特点，应合理规划我市的档案馆网布局，建立一批专门档案馆和部门档案馆，规范各类档案的归属与流向，明确各类档案的终极归属及过渡性保管职责，促进全市国家档案资源的整体建设和管理。
2、创新专业档案管理体制，服务现实工作
专业档案数量庞大、类型复杂、分布广泛，具有专业性、独立性、动态性和现实工具性强的特点。应根据专业档案形成、保管、利用上的特点和业务部门的实际工作需要，建立多层次、多模式管理的新格局，以适应各类专业档案管理与建设的需要，更好地为现实工作服务。
(1)由专业档案形成科室保管的模式。对于独立性、动态性、现实工具性都比较强的专业档案，可以在档案形成之后，由形成科室管理和控制，以维系专业工作的正常进行。形成科室应承担积累、整理、编目、保管、到期鉴定和处置的任务，并承担将其中已失去现实管理工具功能、需要作为历史记录长久保存的档案向单位综合档案室或通过综合档案室向档案馆移交的职责，接受本区县档案行政管理部门的监督指导。
(2)由专业档案形成单位的专业档案室或专业文件管理中心保管的模式。对于形成数量大，增幅快，整理、鉴定和利用方式特殊，必须由专业人员直接控制和使用的专业档案，可以成立专业档案室或专业文件管理中心，实施过渡性和集约化保管。
(3)由专业档案形成单位综合档案室统一保管的模式。根据归档、整理、编目、鉴定和利用的特点，可以随同文书档案一并管理的专业档案，应纳入本单位综合档案室统一保管，随同文书档案定期向档案馆移交。
(4)由市级专业主管部门的专业档案管理中心或部门档案馆保管的模式。对于市级专业主管部门需要按行业整合的专业档案特别是垂直管理单位的专业档案，可以按照规定向专业主管部门的专业档案管理中心或部门档案馆集中，实施过渡性和集约化管理。市级专业档案管理中心和部门档案馆应具备安全保管和充分开发档案信息的条件和能力，承担向社会提供档案利用的职责，保证本行业专业性活动以及专门用户群体利用档案的需要。
建立多层次、多模式的专业档案管理体制，是为了扭转当前专业档案管理工作出现的无序状况，更好地服务于现实工作，发挥专业档案对于形成者的突出作用、对于利用者的定向作用和为科研、决策服务的整体效应。各个管理层次及各类管理模式的具体确定，应由档案行政管理部门和专业主管部门做出统一规定。同时，无论是采取哪种模式，都应接受档案行政管理部门的监督指导，并按规定向综合档案馆移交记录党政领导和行政管理活动的具有永久保存价值的档案。
3、按地域整合与按行业整合并举，方便社会利用
实施档案资源整合是强化档案集中统一管理、降低管理成本、提高管理效能和方便社会各方面利用档案的有效措施。档案资源整合既可以按地域整合，也可以按行业整合。对于特大城市而言，城市基础设施、公用事业以及一些需要垂直管理的专业性工作，往往不是按区县行政区划来设置和管理的。对于这些行业形成的档案资源应当首先按照专业管理的需要进行行业性整合，而后再按照维护国家历史记忆的需要向同级综合档案馆整合。区县档案馆主要应整合本区县行政区划内具有行政隶属关系的立档单位及其所属部门的档案资源和按区县行政区划管理与建设的其他各类国家档案资源。
随着国家行政管理体制的改革，出现了越来越多的全国性和全市性纵向管理系统。为加强本行业、本系统管理的需要，纵向系统的档案资源整合应运而生，专业主管部门的行业性档案管理机构也将随之得到强化和发展。面对档案资源整合新的发展趋势，各级档案行政管理部门应当协调各专业主管部门，更新档案管理理念，排除部门利益纷争，共同站在加强国家档案资源整体建设的高度，对各级各类专业档案资源的归属与流向进行顶层设计和统一规划。
三、加强专业档案管理的几点建议