方以智之子方中通(1633-1698)又继承和发展了其父的上述思想。方中通著有《数度衍》(1661年)一书，进一步指出“句股出于河图，加减乘除出于洛书”(注二二)。在这部数学著作中，方中通也对“西学中源”说作了进一步的阐述。该书“凡例”有云：“西学精矣，中土失传耳。今以西学归《九章》，以《九章》归《周髀》……”方中通的友人，同时又是方以智的弟子的吴云序《数度衍》也称：“欧逻之数得自吾周公而往也。此吾方小衍氏近从西学穆氏(指穆尼阁Jean Nicolas Smogulecki, 1611-1656)而后归焉。”(注二三)
由上述可见，“西学中源”说经熊明遇、陈荩谟到方以智、方中通，既有继承，也有发展和变化。在方氏父子那里，源于中国的西学不仅是天文学，还有数学、，甚至一切西学;西学的源头不再是重、黎二氏，而是周公;他们论“西学中源”的目的也不再是为传播西学，而是要回归中学。
方氏三代学术，既受到熊明遇和耶稣会士的影响，也得到过一些坚持中法的学者的启发。如方孔炤、方以智于黄道周有往来，讨论过易学(注二四)。同时，方以智对黄氏弟子陈荩谟的学问及其主张，也有所耳闻(注二五)。方中通的西学源于《周髀》说与陈荩谟的泰西测量学“实本《周髀》”说也是颇为接近的。
这里特别要指出的是：清初黄宗羲(1610-1695)言“句股之术乃周公、商高之遗”，也是与陈荩谟一脉相承的。关于黄宗羲主张“西学中源”说，清代雍乾间的著名学者全祖望(1705-1755)在他所撰《梨洲先生神道碑文》中说：“历学则公少有神悟。及在海岛，古松流水，布算簌簌。尝言句股之术乃周公、商高之遗，而后人失之，使西人得以窃其传。有《授时历故》一卷，《大统历推法》一卷，《授时历假如》一卷，《西历、回历假如》各一卷。……其后梅徵君文鼎本《周髀》言历，世惊为不传之秘，而不知公实开之。”(注二六)全谢山以黄宗羲为清代“西学中源”说的始作俑者，当代学者多加遵信。然观本文上述，已知其非是。而还必须指出的是，细审全氏《碑文》所引黄宗羲论“西学中源”之语，系出自黄宗羲《叙陈言扬<句股述>》一文，其略云：
句股之学，其精为容圆、测圆、割圆，皆周公、商高之遗术，六艺之一也。自后学之不讲，方伎家遂私之。……珠失深渊，罔象得之。于是西洋改容圆为矩度，测圆为八线，割圆为三角。吾中土人让之为独绝，辟之为违天，皆不知二五之为十者也。……余昔屏穷壑，双瀑当窗，夜半猿啼伥啸，布算簌簌，真为痴绝。及至学成，屠龙之伎，不但无用，且无可语者，漫不加理。今因言扬，遂当复完原书，尽以相授;言扬引而伸之，亦使西人归我汶阳之田也。(注二七)
此文初刊于黄氏《吾悔集》(1681年)，乃作于1679至1680年间，已属梨洲晚年手笔(注二八)。全祖望处雍、乾间盛言“西学中源”之时，骤见梨洲此文，见其早于梅文鼎(1633-1721)之说，漫不加察，乃断言黄宗羲为“西学中源”说的肇始者，实不可信。尤其令人遗憾的是，全氏《碑文》还将黄宗羲论“西学中源”与其早年抗清失败后避居布算之事相连属，致使当代学者把黄宗羲之主张此说提早到顺治初年(注二九)，并进而推论梅文鼎、王锡阐等清初历算名家之宣传“西学中源”说都是受到了黄宗羲的影响(注三十)，这就距离事实更远了。当然，黄宗羲与方以智在年轻时就有交往，他预闻此说可能会早一些。但笔者遍检现存黄氏历算著作如《授时历故》、《西历假如》和《历学假如》等，皆无此论。故笔者以为，就全祖望所引述的资料和现存有关文献看来，黄宗羲论“西学中源”说已近康熙中叶，是其晚年思想。
由前引《叙陈言扬<句股述>》可知，黄宗羲论“西学中源”，批评了尊用西法和黜拒西法的两派，这显然是针对清初中西历法之争的两派而言。他的这一态度，与其同时代而主张“西学中源”说的清初遗民学者王夫之和王锡阐大相异趣。
王夫之(1619-1692)与方以智有交往(注三一)，他关于中西学术的看法显然受到了后者的影响。如他袭用了“质测”等方以智独创的词汇，其论十二重天也以《楚辞·天问》中的“圜则九重”为证(注三二)。与方以智不同的是，王夫之在清初颁行西洋历法和康熙平反历狱之后论“西学中源”，出于民族感情，他对西学有更严厉的批评和贬抑。其晚年著作《思问录·外篇》中指出：“西洋历家既能测知七曜远近之实，而又窃张子(北宋张载)左旋之说以相杂立论。盖西夷之可取者惟远近测法一术，其他则剽袭中国之绪余，而无通理可守也。”(注三三)此外，他还坚决反对西方地圆说。王夫之发挥了方以智关于西学“拙于言通几”和“质测犹未备”的思想，在他看来，西方学术虽然源自中国，但不过“剽袭中国之绪余”，并没有得中学之真传，可见他是视西学为异学的。他论“西学中源”的用意与熊明遇截然不同;与方以智相比，他对西学抱有明显的敌视情绪。这种变化，实际上是对满清入主中原，颁行西历并任用耶稣会士主持钦天监这一系列“用夷变夏”事件的反应。在这个问题上，王锡阐的表现尤为突出，堪称典型。
王锡阐(1628-1682)是清初造诣最为精深的天文历法名家。他兼精中西天文历法之学，亦深悉西法之所长。但强烈的民族感情使他对满清统治者行用的西洋历法持坚决抵制的态度。针对清廷颁用的《西洋新法历书》，他发愤作《晓庵新法》(1662年)，力图在保存中国传统历法框架的前提下，容纳西方天文学的技术性成果，而与“西洋新法”相抗衡。另外，他也极力鼓吹西洋新历原本中国。其《历说》一文中有云：“《天问》曰‘圜则九重，孰营度之’，则七政异天之说，古必有之。近代既亡其书，西说遂为创论。余审日月之视差，五星之顺逆，见其实然。益知西说原本中学非臆譔也。”(注三四)王锡阐与遗民学者多有往还，由此处引语看来，他主张“西历原本中学”，并非自创，而是得自他人。但他发愤用其所长，力图为此说举出更多的证据。在其晚年答友人的《历策》一文中，他进一步指出西历在日月运动、行星运动、交食、定节气和授时诸方面，“悉具旧法(即中法)之中，……西人窃取其意，其能越其范围”(注三五)。然而，对此他并没有认真地加以分析和论证。实际上他只能指出中西历法在这些方面略同而已，而无法论证西法原本中学，所以最后他只好强词代论了。而他论述“西说原本中学”，道中西历学之同，其目的都是为了贬低西学，表彰中学。
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