从理论上说，高校管理权力和学生权利之间的矛盾关系决定了高校管理权力和学生权利的冲突是客观存在的，加之权力客观上存在易腐性、扩张性以及对权利的侵犯性和高校管理权内涵界定上的模糊性、复杂性，因而在高校管理权力和学生权利之间无法找到一个明确的界限。基于目前高校管理权力呈现强势倾向，而学生属于权利弱势群体，权利受侵现象频繁出现的实际情况，“必须对权力进行制约，以划定高校管理权的合理界限，以保持管理权与学生权利之间协调与平衡的同时，在权利充分实现和权力高效运行之间求得平衡”。
建构高校管理权力与学生权利的平衡机制，一方面需要对高校管理权力的行使进行合理规范和限制，同时采取措施加强学生权利保障，以便从内部建构权力运行与权利实现的平衡态势;另一方面，通过一方的诉权主张依靠司法介入从外部建构权力运行与权利实现的平衡态势。
1.规范权力运行与保障权利实现——建构内部平衡
(1)建立健全高校权力运行的制度规范
在教育法制化的过程中，由于教育行政主体处于强势地位，而实体法赋予相对人的权利又高度概括与抽象，加之地方教育法制、法规不能做到因地制宜。这就要求我们在细化实体法的基础上，更应在程序上为相对人提供必要的权益保障制度，设置一套防止教育行政权力恣意或滥用的机制。针对长期以来，在高校管理权力运行中存在的诸多问题，如程序瑕疵、缺少规范，随意性强，越权行为等，有必要建立健全高校管理权力运行的制约机制，把管理权力的运行纳入程序化、规范化轨道，目的旨在于既要保证其高效又要保证其合理。
就目前而言，可以从以下方面进行努力：立法层面，进一步完善我国的相关法律，明确高校管理权力的界限、内涵;制定高校管理权力行使的程序法。司法层面，尝试建立和健全教育司法专门职能机构;完善司法介入机制;管理层面，依法建立健全各项规章制度以及管理程序制度;完善学生权利救济制度。监督层面，完善教育执法监督制度;建立规章制度审查机制;逐步设立和完善学生权利的维权机构;逐步设立和完善教育仲裁机构。思想层面：树立管理者的法治精神，以人为本的理念，以学生权利为本位的管理意识;提高大学生的维权意识。高校管理权力的行使，应该遵循以下几个原则：合法性原则、合理性原则、比例原则、正当程序原则、法律保留原则以及司法审查原则。
(2)建立健全学生权利实现的保障体系
针对目前学生权利受侵现象频繁出现的情况，需要采取措施切实保障学生权利。除了规范高校管理权力的运行以外，还必须建立健全学生权利的保障体系。可从以下方面进行努力：建立保护学生权利的程序制度;设立学生管理听证制度;明确大学生管理程序如学生处理程序;完善大学生权利救济体系。
救济在本质上是一种权利。学生的救济权利是学生权利体系的重要组成部分，任何权利的实质享有不仅仅是看其实体程序方面的规定如何，还要看其是否有完善的救济途径以保障权利的实现。权利救济体系包括事前救济、事中救济和事后救济。就目前而言，完善大学生权利救济体系应该包括以下内容：建立健全学生申诉制度;建立和完善行政复议制度;建立教育仲裁制度;完善学生维权的诉讼制度;提高大学生的维权意识和维权能力;逐步设立和完善学生权利的专门维权机构。
2.一方诉权主张与司法介入纠纷——建构外部平衡
由于高校管理权力和学生权利之间的矛盾关系决定了高校管理权力和学生权利的冲突是客观存在的，这种客观存在就意味着二者问的冲突解决在一定条件下会求诸于法的力量，通过诉权行使维护己方利益。在目前高校管理权力呈现强势倾向，而学生属于权利弱势群体的实际情况下，利用诉权的一方必然是学生。当所有其它救济途径都无法维护受害者的合法利益时，司法作为维护社会正义的最后一道防线必须挺身而出。从理论上讲，高校与学生之问属于外部行政关系，完全适用司法保留原则，因而司法介入高校与学生的纠纷具备理论基础。《行政诉讼法》第二十五条第四项规定：“由法律、法规授权的组织所作的具体行政行为，该组织是被告。”高校作为事业单位法人属于行政诉讼法所指的被授权组织，依据法律、法规授权行使国家行政权，可以成为行政诉讼中的适格被告，这是司法介入高校与学生纠纷的法律基础。
事实上，高校管理权力与学生权利之间，没有一条明确界限。二者间的限度如何，既是一个理论问题，也是一个现实问题;既是一个事实问题，也是一个价值问题。对此问题的解决，应当既体现现代先进教育理念，同时又根植于中国实际;既解决现实中较急迫的问题，又考虑我国社会的发展进程和高等教育的长远发展趋势。
(二)建构高校权利与学生权利的平衡机制
高校管理权利与学生权利具有相互性，无法在二者间找到一个互不侵犯的明确界限。对此，我们可以从权利衡平理论中得到启示。权利衡平是根据权利制约的原理，当不同权利产生冲突时，采取利益衡平方法，使不同权利在合理限度内都能受到法律保护，使不同权利冲突所产生的损害减少到最低限度。当高校管理权利与学生权利发生冲突时，可以采取利益衡平方法，使双方权利在合理限度内都能受到法律保护，把双方权利冲突所产生的损害减少到最低限度，而不能简单地认定一方的权利应该得到优先保护而另一方的权利应该加以禁止。当高校与学生因权利纠纷而诉诸公堂时，要求法院在二者的利益间做出权衡，进行利益取舍。这是一个司法问题，更是一个价值问题。
建构高校管理权与学生权利的平衡机制，最终需要借助于法。法的完善是上述问题解决的最终途径，而法总是处于追求完美的过程之中，但这并不妨碍在现有法律环境下对权力与权利关系和谐的追求。