为了克服传统学徒制博士培养模式的缺点，德国在2002年的高等教育改革中提出将博士培养正规化。正规化的博士培养计划效仿美国，建立研究生院，由系里的教授共同承担对博士生进行指导的义务;抛弃无课程设置的传统，开设一定数量的灵活多样的课程，使博士教育紧紧围绕修习课程、研究训练和撰写论文三个方面来进行;博士生的研究经费由学校资助，而不再是来自作为教授助手获得的薪酬。这种正规化博士培养模式的目的是减少教授的权力和博士生对教授的依附，给年轻博士生更多空间，提高整个博士培养的质量，吸引更优秀的人才。
德国在博士培养模式上的改革毫无疑问将减少教授的权力和主观性，但这种改革是否适合现行德国高等教育体系却值得商榷。这主要体现在两个方面。一方面，正如前文提到的，在德国相对平均主义的高等教育体系下，传统博士培养模式有一项十分重要的功能，即培养了一批综合能力非常强的优秀人才，并且这些博士毕业生非常受政府和企业等用人单位的欢迎。一项对于德国、美国和法国100家最大公司高层管理人员学历情况的调查显示：德国有58.5%高层管理人员拥有博士学历，而美国仅有5.5%，法国只有4.1%。此次改革所确立的正规博士培养计划将限制教授使用博士参与其个人研究的权力，这将大大降低博士生对教授科研的支持，也将降低教授遴选、指导和培养博士生的动力和热情。相应地，潜在雇主对于正规博士培养体系下获得博士学位的学生的信心也会大打折扣。另一方面，正规的博士培养计划要求学院全体教授共同承担对博士的培养。这一举措得以有效实施的前提是教授(个人或集体层面)能从这些博士生的成功中获得某些方面的利益;然而迄今为止，德国的高等教育系统在学院层面上还没有形成能取代讲座教授辅导博士生的机制。
一些学者对博士生质量将下降的推测持反对态度，他们认为学术界已经通过论文发表和学术会议等建立起了一套普遍适用的对博士生进行遴选和评价的机制，通过这些机制，在德国高等教育系统下，正规的博士培养计划也能保证博士培养的质量。即便是这样，新体系下培养出来的博士生也只是在某些方面具有较强的学术能力，并不能像传统学徒制模式那样培养出具有较强综合能力的博士生。目前，大多数博士生都希望发展自己的综合能力，他们希望通过获得博士学位展示其卓越的综合素质。
一旦他们发现新体系并不能满足这一愿望，他们可能会寻求其他途径来达到这一目标，即德国最优秀的学生可能会去国外留学以谋求自身发展。这就可能产生一个严重的问题——人才外流。
2.教师薪酬制度改革及其问题
在德国，传统的薪酬体系相对来说不太受教师工作业绩和表现影响。2002年高等教育法修正案决定引入新的薪酬制度，即教师薪水将与其工作表现和业绩挂钩，这也意味着德国传统的薪水与年资挂钩的工资制度将被取消。新的薪酬制度规定教师薪酬由基本工资和奖金构成。基本工资是统一的，而奖金将与工作表现挂钩。奖金包括三个部分：(1)用以从其他高校聘请教授(或是为了留住在职教授)的固定奖金;(2)行政工作奖金(用以给校长、院长或委员会成员等有行政职务人员的奖金);(3)杰出研究或教学表现奖金。其中第二和第三个部分属于这次改革的新元素。新的薪酬制度对综合性大学和高等专科学校教师的薪酬做了不同规定，综合大学教授的固定工资为8300马克，平均浮动工资为2150马克;高等专科学校教授的固定工资为7000马克，浮动工资平均为1850马克。这种薪酬制度把教师的工作业绩与报酬紧密结合在一起，在一定程度上激发了教师的工作积极性，增强了教师间的竞争意识。
德国引入与表现挂钩的薪酬机制的目的是激励教师进行高质量的研究和教学，增加教师的竞争意识。然而，在高等教育脱离市场的科层制模式下，这种薪酬机制能在多大程度上发挥功效是一个值得深思的问题。第一，以第三项奖金为例，2002年教育改革规定这项奖金由各高校自行制定标准自主实施。我们知道，德国大学的资源由政府统一配置而不是根据高校的整体表现进行分配。那么，如果学校教师的优秀表现并不能为学校争取更多的教育资源，一个合理的推断是学校的管理者就没必要至少不会认真地制定标准来对教师的工作表现进行评估。如果这个推断成立，即高校管理者不能制定清晰明确的评价标准，那么在这种情况下实施新的薪酬制度的一个可能后果是高校教师以结成小圈子的方式影响评价结果。这可能导致高校教师将大部分时间和精力花在人际交往和关系建立上，而不是致力于教学和研究。第二，这次薪酬制度改革还可能引发另一种寻租行为。根据这次改革规定，每个州付给教师的薪水总量维持不变，同时，奖金结构由高校自行决定。在实际操作中，这意味着在学校层次将决定并局限教师薪水总量。这将会影响大学聘请其他大学的教师。由于聘请其他大学的优秀教师需要支付奖金，聘请优秀教师意味着在职教师的奖金将相应减少，而一般情况下在职教师对新教师的聘用具有决定权，这样，在职教师将不再有动力聘任其他大学的优秀教师，转而倾向于聘请一些相对平庸的教师。在这方面，旧的薪酬制度似乎更为优越。最后，由于新的薪酬制度将综合大学和高等专科学校教授薪酬分为两个档次，没有解决两者之间的不平等待遇。这种将高等专科学校放在大学的附属地位的做法，对高等专科学校的发展极为不利。因此，很多高等专科学校对这次薪酬制度改革持有异议。
高等教育体系中的各个子系统是深深嵌入在整体体系的大系统之中，从其他国家高等教育体系中引入某些特定机制未必能够取得理想的效果。另外，不同的文化价值观念和历史传统决定了各国高等教育体制的不同发展历程，机械的模仿和借鉴还可能产生负面效果。因此，在德国科层制高等教育管理模式下，照搬美国高等教育的某些做法进行的改革不可能在短期内取得较大成效，实践也证明了这一点。德国教育改革的教训警示我们，在借鉴他国做法时一定要慎重。要进行认真细致的“本土化”工作，使其与我国高等教育的实际情况相符合后再到改革中推行。
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