由于我国义务教育经费的绝对量和相对量都严重不足，在实际中产生了一系列的问题，具体表现为：
(1)农村中小学教师工资不能按时足额发放。拖欠农村中小学工资，是多年来未解决的问题。据测算，2002年当年全国有15个省的317个县，新欠农村中小学教职工国家规定标准部分工资总计22亿元。截止2003年4月，全国拖欠农村中小学教职工国家规定标准部分工资累计144亿元。
(2)农村中小学的基本办学条件得不到保障。由于经费不足，相当多农村地区不具备义务教育的基本办学条件。2004年，我国农村地区危房比例仍然较高，全国小学和初中共有4542.3万平方米的D级危房。此外，每年自然新增危房约1750万平方米、因自然灾害受损的校舍约200万平方米。小学和初中校舍危房率分别为5.6%和3.7%。农村初中校舍严重不足，大班额现象十分普遍，一半以上的班级在56人以上，个别地方甚至超过了100人。
除了危房问题之外，我国中小学仪器设备的达标率较低。2004年，小学仪器设备达标率为50.91%，初中为70.57%。而在农村地区，该比例更低。在一些贫困地区，甚至缺乏黑板、粉笔等最基本的教学用具，正常的教学活动无法开展。
(3)农村中小学建校债务负担沉重。在20世纪90年代末期，为了实现普九目标，不少农村地区举债进行学校建设，使农村义务教育除了拖欠教师工资外，还承受着巨大的建校债务负担。据了解，至2003年全国农村中小学“普九”欠债约为500亿元，由于债主追索债务而影响农村中小学正常教学秩序的事件屡有发生。
农村地区的税费改革和“一费制”的实行，使农村义务教育投入面临更大的缺口，加剧了上述各种问题。
义务教育财政资源分布不均衡
省区之间的不均衡。不同省区义务教育阶段的中小学在校舍、教学设备、师资质量方面均存在着巨大的差距，这里我们主要讨论教育经费方面的差异。从生均教育经费来看，2004年上海普通小学生均预算内教育事业费和公用经费分别为6680.22元和1664.65元，而河南省仅为654.41元和42.58元;上海初中生均预算内教育事业费和公用经费分别为6831.40元和1939.96元，而河南省仅为763.92元和73.75元。
不同省区义务教育财政资源分布的不均衡导致了义务教育事业发展水平的巨大差异。在东部某些地区提出实现教育现代化的同时，西部某些地区连义务教育基本的入学还不能保证。据统计，至2004年底，西部地区还有246个县未实现普九，占总数的86.6%;还有11个县，小学净入学率低于70%。
省内各地的不均衡。义务教育财政资源不仅在省区间分布不均衡，在同一个省内部的不同地区分布也不均衡，且这种不均衡的程度要大于前者。从经济中等发展水平的湖南省生均教育水平可见一斑。湖南省现设13个地级市、1个自治州、72个县、16个县级市和34个市辖区。各地义务教育投入极不平衡。经济发展水平相对较高的长沙市、常德市、衡阳市、岳阳市所属城镇和农村生均义务教育经费水平相对较高，2000年初中生均教育经费分别为1364.03元、1081.46元、1046.84元、1043.72元，而经济发展水平相对较低的益阳市、娄底市、邵阳市该项经费则分别为835.05元、835.49元、815.02元，最高与最低水平相差549元。小学生均教育经费较高的长沙市、常德市2000年该项经费分别为999.98元、835.23元;最低的娄底市只有525.90元，与最高的长沙市相比差474元，差额接近1倍。
城乡间的不平衡。我国目前农村小学和初中的教育资源与办学条件与城市相比，无论是在校舍建设、试验设备和图书，还是师资、课程设置、教学要求等方面，均存在很大差异。城乡间的差异更集中地体现在义务教育生均教育经费在城乡间的差别上。根据我国近几年各地生均义务教育经费统计数据，农村生均教育经费均低于该地区平均水平。以2004年为例，全国普通小学生均财政预算内教育经费的平均水平为1159.33元，而农村地区平均为1035.27元;全国初中生均财政预算内教育经费的平均水平为1296.36元，而农村地区平均为1101.32元。
学校之间不均衡。在同一类型、同一层次教育中，不同学校之间也存在巨大差异，主要表现在经费投入、师资队伍、校舍及教学设备和生源等方面。学校之间的差异是一个普遍现象，不可能完全消除。但过大的差异也不利于教育公平的实现和薄弱学校自身的发展。层层设置的重点学校制度，加剧了基础教育内部资源配置的失衡，导致在区域内学校之间差距的拉大。同时，由于重点学校绝大多数设在城市、城镇，从而有利于城镇学生的升学，这样更加据了义务教育在城乡间发展的不平衡。
义务教育经费负担结构不合理
我国义务教育经费不但总量不足、分布不均衡，而且负担结构也不合理，主要体现为以下三个方面：
(1) 受教育者和政府之间负担不(2) 合理。义务教育是国家对适龄儿童和少年所实施的具有一定年限的强制性免费教育。所谓免费，(3) 就是教育费用应完全由政府负担。我国义务教育法明确规定：“国家对接受义务教育的学生免收学费”。但在实际执行中，(4) 由于我国的财力有限，(5) 仍收取一定的杂费，(6) 即受教育者负担一部分的费用。2004年，(7) 我国普通小学生均杂费为113元，(8) 初中生均杂费为235元。小学和初中杂费占公用经费支出的比例分别为38.95%和42.91%。
(9) 城乡居民之间负担不(10) 合理。城市居民除了负担子女的学杂费和其他学校代收费外，(11) 不(12) 再直接负担义务教育经费。农村居民除了负担子女的学杂费和其他学校代收费外，(13) 还要以农村教育费附加、教育集资的方式负担大部分义务教育基建费和部分事业费。虽然2000年开始的农村税费改革明确规定取消农村教育费附加和教育集资，(14) 但彻底的实行还需一个过程。部分地区农民依然以教育费附加、集资摊派等形式负担一部分义务教育经费。据统计，(15) 2004年农村教育事业费附加仍有35.72亿元。
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