在这种制度下，中央政府的财政教育经费的绝大部分投向了高等教育。在整个90年代，这一部分始终高达90%左右，而包括高中在内的中小学得到的比例始终未超过1%，而且这些有限的金额也主要是对「中央属」中小学的投入。近年来虽然增加了对贫困地区义务教育的援助，但「九五」期间的总投入只有39亿元，在2001年以后的四年间，这部分资金仍然不足300亿元，占中央教育财政总经费的比例仍然微乎其微。从中央级教育财政资金的分配状况可以看出，作为中国教育最高主管部门的教育部，实质上属于「高等教育部」──正如这个庞大而坚固的堡垒中分掌「义务教育」的工作人员只有二人所象征的那样。

由于初中和小学的管理责任主要在县以下，自省至县的地方政府的教育投入也主要流向了各自管辖的大学、高中等专业学校以及高中，而很少顾及农村义务教育。结果是，农村义务教育资金的主要承担者变成了乡镇一级。根据国务院发展研究中心的调查，在90年代末，农村义务教育资金的政府投入部分，中央、省和地区或地级市三级合计负担的部分不到15%，而乡镇则负担了78%。而这部分的投入可能占到乡镇财政支出的70%左右。乡镇财政由此成为「教育财政」。

问题是，弱小的乡镇财政无法满足农村教育的刚性需求，这就造成乡镇政权必须对农民进行二次、三次乃至第n次的教育费用征收。在整个90年代的十年间，全国对农民征收的「教育附加费」和各种「教育集资」最保守地估计也在1,500亿元。近年来征收的规模和范围有所缩小，但变相的教育集资仍然没有绝迹。

(三)资源配置的不平等和农村教育的相对贫困

由于城乡之间经济发展水准和财源的差异，二元分割的办学制度必然导致城乡义务教育资金投入的严重失衡。以1993年为例，全国城乡小学生的人均经费差距为 1.9倍，贵州省内城乡之间在3倍，而上海市与安徽农村之间达7倍;在初中阶段，全国城乡整体差距为2倍，贵州省内城乡之间达到4.2倍，而北京市与贵州农村之间则达到10倍。到1999年，上述各个层次的差距都进一步扩大了，其中小学和初中阶段城乡整体差距均扩大到3.1倍，小学阶段最大差距达11倍(上海市3556.9元:贵州农村323.6元)，初中阶段最大差巨达到12.4倍(北京市5155.2元：贵州农村416.7元)。在人口大省河南内部，这种差距也异常惊人：在小学阶段，郑州市生均预算内教育经费为全省农村平均额的5.9倍，相当于最低的滑县农村的14.7倍;在初中阶段，新乡市生均预算内教育经费与全省农村的平均数相差5.9倍，与最低的延津县相差11.4倍。在2000年之后的数年间，考虑到向农民收取教育集资的行为受到限制而农村中小学的教育经费更加紧张，诸多差距可能并没有缩小，甚至是再度拉大了。

(四)农村教育的绝对贫困

上述差距显示了农村教育的相对贫困，下述资料则充分显示了不平等状况下农村教育的绝对贫困：在1999年，全国2,036个县和县级市中有1,021个县的小学生均「公用经费」不足10元──与北京市的757.6元和上海市的747.4元形成鲜明对照──几乎到了「甚么都不能干」的地步。而在农村义务教育列为教育和农村工作的「重中之重」后的2004年，根据《中国教育报》夏天对174个地市和县教育局长的问卷调查结果，超过50%的农村中小学「基本运行经费难以保证」(这意味着国务院规定的「三个确保」在一半以上的农村地区没有实现)，有58%的农村学校危房改造经费无法落实，超过40%的小学仍然使用危房，超过30%的农村小学「粉笔论支有限发放」，接近40%的农村小学「交不起电费、有电不敢开电灯」，而缺少课桌凳的小学也接近40%。另外，「大学毕业生当教师需交费录用、工资拖后发放」的农村中小学择接近10%。(《中国教育报》2004年8月23日第3版)

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