1.审计面临双重压力。现阶段，审计要发挥国家经济社会运行“免疫系统”的功能，面临着查处违法违规问题与揭露绩效审计问题的双重压力，尤其是在地方审计机关，繁重的财务真实性、合法性审计任务占据着审计资源，制约着绩效审计的开展。

2.容易导致认识上的偏差。合规性审计是绩效审计的重要基础，但不是惟一基础。综合性绩效审计会使人们误认为开展绩效审计必须先经过合规性审计。这种观点是不对的。如果开展绩效审计之前相关资料已经进行过合规性审计，则绩效审计开展就比较方便一些;如果开展绩效审计之前相关资料未进行合规性审计，则并不意味着绩效审计就无法开展。绩效审计仍可开展，只是应当根据绩效审计目标的要求，先对相关财政财务收支资料和其他资料、情况进行审查、调查，然后再进行绩效评价，提出改善建议。这种情况下，绩效审计的工作量会大一些，但仍可进行。

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