我国预算会计可以采用不同的会计基础，事业单位作为预算会计的分支可以根据单位的实际情况，采用收付实现制和权责发生制。由于我国事业单位可以在进行专业业务活动和辅助活动之外，允许开展非独立核算经营活动，所以，在大部分非营利性的事业单位会计中均采用收付实现制，而对于具有一定营利性的事业单位，其非营利收支采用收付实现制，营利性收支则可以采用权责发生制。

企业会计只能以权责发生制为会计核算基础对经济业务活动进行确认、计量和报告。

(二)会计要素构成的区别

由于事业单位与企业在运行方式、运行结果上存在本质区别，所以两者在会计要素的构成上也存在差异。事业单位会计要素主要分为资产、负债、净资产、所有者权益、收入、支出五大类，而企业会计要素则分为资产、负债、所有者权益、收入、费用、利润六大类。由于两者的资产和负债在本质上基本趋同，所以，下面仅对其他要素的区别进行分析。

净资产与所有者权益。事业单位净资产是指预算会计所特有的、产权单一的政府与非盈利组织拥有的资产净值。与事业单位净资产所相对应的企业会计要素是所有者权益，它是指投资者对企业净资产所享有的权益。 收入、支出(费用)。事业单位的收入是指本单位依法从国家财政部门、上级单位或其他单位取得的非偿还性资金，其资金的主要来源为财政拨款;而企业的收入是指在企业经营活动中形成的、能够导致所有者权益增加且与所有者资本投入无关的资金流入，其资金的主要来源为企业在销售产品或提供劳务过程中而产生的。

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