1、核算内容不全面。主要反映预算资金收支情况，不能全面反映资金运动及资产负债状况。比如资产方面，未对固定资产计提折旧，虚增了资产，账面价值与实际价值偏离越来越大;负债方面，只能反映负债总体情况，不能反映其明细，比如将借款利息，一些应付账款、暂收款项都计入了“事业支出”或“经营支出”，对于负债的全面情况无法了解;成本方面，经营性业务采用权责发生制计算成本，非经营性业务则采用收付实现制，两种会计基础并行，使得某些业务费用难以合理分摊，无法真实反映成本，也不利于内部管理。

2、财务报告存在问题。财务报告的问题主要集中在事业单位会计方面。首先，没有提供现金流量表，无法反映现金变动、货币资金周转、投融资产生的偿债能力、变现能力等实际情况;其次，资产负债表中左方列示资产和支出，右方列示负债、净资产和收入，动态要素(收入、支出)通过静态报表反映，不符合资产负债表的定义;其次，财务报告并未包含审计报告，不仅影响了财务报告信息的公允性和可信度，而且无法客观反映非营利组织的受托责任。

3、会计核算基础存在问题。目前，事业单位会计一般采用收付实现制，经营性收支业务采用权责发生制;民间非营利组织会计采用权责发生制。采用收付实现制的业务，只能反映现金交易信息，很多信息比如当期发生尚未用现金支付部分，非现金收支情况等都得不到反映，影响成本耗费、财政支出的计算。

(三)全球性政府与非营利组织会计改革的影响

许多发达国家都在进行政府与非营利组织会计的改革，比如逐步引入权责发生制，核算范围扩展到资产负债各方面，定期修订会计制度等。在改革动力的影响下，我国当然应紧跟趋势，同时要根据我国实际情况，建立非营利组织会计。

三、新医院会计制度介绍及改进之处

(一)新医院会计制度介绍

据新华社北京1月18日电，根据国务院医改工作统一部署，财政部会同卫生部等有关部门于近日同步推出了医疗机构财务、会计、注册会计师审计等五项制度。其中新的医院财务、会计制度将于2011年7月1日起在公立医院改革国家联系试点城市执行，2012年1月1日起在全国执行。此次发布的医疗机构财务、会计、注册会计师审计等五项制度包括：修订后的《医院财务制度》和《医院会计制度》，新制定的《基层医疗卫生机构财务制度》和《基层医疗卫生机构会计制度》以及中国注册会计师协会制定印发的《医院财务报表审计指引》。　　(二)新医院会计制度较旧会计制度的改进之处

1、强化了医院成本核算和收支管理。这次改革，在成本的对象、范围、控制方面都做了相应改革;更注重固定资产折旧的计提;对收入来源支出用途的核算更明确细化。比如医疗收入费用明细表在性质上将医疗成本分为人员经费、卫生材料费、药品费、固定资产折旧费、无形资产摊销费、提取医疗风险基金等七类，从功能上分为医疗业务成本(细分为临床服务成本、医疗技术成本、医疗辅助成本)和管理费用;取消了“专用基金——修购基金”科目，原先此科目专门用于固定资产的维修购置开支，是根据医院事业收入和经营收入中提取以及固定资产残值变价收入转入形成，与固定资产价值并不相符;提出采用新科目“待冲基金”对财政资金形成的资产进行过程性管理，来解决财政补助资金形成的固定资产折旧问题，也能够将财政资金和非财政资金形成的资产区分;此外，还在医疗业务核算中加入药品收支，将医院的医、教、研收支分类处理，使得医院收支更明确。

2、财务报表体系更完整。财务报表涵盖了资产负债表、收入费用表、医疗收入明细表、现金流量表、财政补助收支情况表及三张成本报表，已与企业会计报表比较相似。

3、医院财务报告注册会计师审计方面的突破。新出台的《医院财务报表审计指引》被认为是医院财务报告引入注册会计师审计的突破，它主要从内部控制(包含采购、付款、收款、销售等环节)和风险评估角度规范审计，便于在审计财务报表时即时发现问题，便于加快内外监督体系的形成，推进医疗机构的改革。