（二）经济适用房价格不合理，出现弃购现象
虽有明文规定经济适用房在各地的价格，但在实际的操作层面上，由于项目规划设计和使用的建筑材料上档次，经济适用房品质有所提高，加上经济适用房的开发模式从过去经济适用房与商品房交叉合建的模式转变为形成纯经济适用房的开发模式及因经济房价格较商品房低，消费者争相抢购，市场供不应求等因素导致经济适用房的价格往往与规定的购买价格存在出入。因此虽然很多中低收入家庭冲着低的房价去，最终却因其实际规定价格而未能如愿购房。经济适用房价格过高，超过中低收入家庭的平均承受能力。
（三）经济适用房配套设施“缺失化”
经济适用房不同于商品房，其出发点是经济、适用，设定为只提供给中低收入者，受成本和地价约束，经济适用房往往地处偏远或者交通不便地带，一般建设在市政基础设施配套不太完善的地块，加上政府以及电力、电信、供电、供暖、供水等部门的低效率，消费者入住后生活上出现诸多不便，这与经济适用房的出发点违背。
（四）发售过程存在黑箱操作，出现权力寻租现象
按最初的制度设计，经济适用住房供应对象是中低收入城镇居民家庭。但在实际操作过程中，因为个人和家庭收入信息很难准确获得，人们普遍认为大多数经济适用房被“富人”买走了，而很少落到真正的穷人手里。由于定价较高、支付能力和运作不透明等原因，有相当部分出售给了收入偏高甚至是高收入家庭，他们从中获得的住房资源甚至超过了最困难的廉租住户，导致政策优惠未能真正落实到那些最需要保障的家庭，反映出供应过程中存在不公平现象。许多经济适用房在未正式销售之前就已经被税务、建设、房管、规划等与房地产有关的政府机关部门的工作人员买走，开着私家车去买经济适用房的人也不鲜见，一栋楼排在前十几名的都是有“门路”的人。
（五）转租、转让现象明显，监督管理失控
按规定，经适房在拿到房产证3年内不得转让。但是一些转让者也有其对策：出售经适房的人在房屋租售中心登记后，遇到合适买家，双方私底下签订房屋购买合同。一些开发商利用经济适用房监管缺失，以经济适用房政策获得土地，以纯粹商品房性质开发出售，扰乱市场秩序。另外对于如何确定中低收入者标准难以确定。