三、我国排污权交易制度所面临的问题

（一）政策和法律制度落后
自改革开放以来，我国经济已实现连续多年快速增长，但与之相适应的相关法律、法规还没有跟上脚步。目前，在法律层面还没有关于排污权制度方面法律、法规，属于空白领域。所以，我国排污、控污工作上首要解决的问题是在法律上能够建立并确认排污权交易制度，以便于它通过市场机制来运作、分配。通过绍兴的排污交易制度试点开展，可知，排污权交易制度的推行是一项系统工程，推行的前提是必须要有完整的、操作性强的法律制度来支撑。在排污权交易的具体实施过程中，从项目的选定、单位审核、许可证总量的认证、交易权分配等项工作，都涉及到大量的立法工作来给予支持。
（二）排污权交易市场不规范
目前，在我国的经济中，乡镇企业占了很大的比重，乡镇企业有着“数量多、规模小、分布散”的特点，它们所造成的工业排放污染占全国工业污染物排放的50%以上。这决定着我国排污权交易制度在基础信息、环境监测、具体执行等方面操作比较困难。此外，出于市场竞争的考虑，存有剩余排污量指标的企业不肯拿到市场上进行出售；一些地区出于地方性保护的想法，明令禁止把排污权指标转让给其它地区等。
（三）总量控制同经济增长之间的矛盾
一是排污总量的合理确定需要以先进的科学技术支撑为基础，必须有先进的技术作保证，但我国在这项排污、控污领域的技术研究尚处于起步阶段。二是我国经济的快速增长，决定着排污总量控制与粗放型经济增长的矛盾不可避免。当前的各地方政府的主要业绩核指标仍以GDP为主，这就导致地方政府片面追求粗放型经济，而不注重环保节能，造成了粗放型经理经济增长与排污、控污总量控制的之间尖锐矛盾。