第二，发展路径。
　　跨境经济合作区的建设需要接壤边境地区的配合与互动，需要接壤国家政府的支持与协调，因此跨境经济合作区的发展路径可以有两种：
　　一是以依托边境口岸的单方规划起步，吸引或鼓励对方边境地区也采取相应的政策，然后通过国家间谈判和签署协议实现两个跨境经济合作区的对接运作。二是直接通过两国中央政府谈判和签署协议，划定边境两边一定区域共同规划建设跨境经济合作区。
　　根据中国的跨境经济合作区的具体实践来看，除了中哈霍尔果斯边境合作中心等是由国家推动的以外，我国绝大多数的经济合作区的发展路径遵循了第一种模式。
　　所以，当在边境地区建立经济合作区的想法没有上升为两国元首的思想和两国的行动的时候，我国边境地区就要发挥主观能动性，积极开展建设跨境经济合作区的前期工作，大力发展边境贸易和区域合作，当各项准备工作都落实的时候，跨境经济合作区的建设就水到渠成了。
　　第三，确立以可持续发展为基础的绿色经济发展模式。
　　通常情况下，各种大型开发项目的建设，必将使森林植被遭到破坏，生物多样性锐减，水土流失和自然灾害加剧。考虑到西南地区“植物王国”和“动物王国”的特殊情况，我们把跨境经济合作确立以可持续发展为基础的生态发展模式，实现人类—生态—环境的协调发展。这种发展模式不仅是最科学最有效的，还可以打消国家对经济建设会破坏西南地区宝贵自然资源的疑虑，更有效的促进跨境经济合作区的批准。
　　（三）双边磋商、谈判
　　跨境经济合作区的建设是一项庞大而复杂的系统工程，涉及合作双方在机制、政策、法律、产业等各个方面的对接与协调。因此，两国省区要加强双边定期会晤交流机制，找准切入点共同推进项目进程，努力使两国政府关注、支持和批准该项目，争取双方共同启动建设。
　　跨境经济合作区建设阶段
　　按照跨境经济合作区的发展过程可以划分为三个阶段，分别是启动阶段、发展阶段和延伸维护阶段，下面进行详细分析。
　　第一，启动阶段。
　　在前期的可行性分析研究及双方磋商、谈判的基础上，一旦两国达成共识，决定共同建设跨境经济合作区，那么合作区的建设就可以正式启动。
　　一是两国签订合作区框架协议。
　　双方决定要共建跨境经济合作区，那么两国中央或区省政府就要签订跨境经济合作区框架协议使其正规化，此时的建设才能取得实质性进展。
　　如：中俄—《建设中俄绥—波贸易综合体协议》
　　中越—《关于进一步推进中国河口—越南老街跨境经济合作区建设的框架协议》
　　中哈—《中哈关于霍尔果斯国际边境合作中心活动管理的协定》
　　但是要特别注意的是，一般签订的协议只是一种管理协定，是没有法律效力的，因此合作区建设还是要多靠双方的努力及配合来进行。
　　当达成共识并签订协议以后，双方就可按照“率先规划、超前运作、逐步对接”的原则, 先行在双方边境两侧划定相应区域, 建立跨境经济合作区。
　　二是核心区建设。
　　核心区是由两国边境线各自一侧的毗邻地区构成并共同建设，并由跨境交通工具通道相互连接的封闭区域,按中国建设合作区的惯例来说，各方一般都不会超过10公里。核心区是同时具备保税区、专用口岸等“功能整合、政策叠加”的区域，是推动两国经贸合作规范化、规模化、市场化和国际化的跨国高端合作平台。
　　功能定位
　　1.物流服务功能。依托口岸优势和国际大通道的建设，发挥其物流中转站功能，使产品能迅速的进入两国市场，同时又可以方便地转口去其他国家，有利于企业降低经营成本和提高竞争能力。
　　2.货物交易功能。在跨境经济合作区可建立大型的商品展示场馆，使国内客户不出国门就可以在区内直接地观摩世界各国的商品，并可以在看样后当即签订合同，办理进口手续；境外客户也可以在区内看样后与国内企业签订出口合同。
　　3.产品深加工功能。核心区的产品可以利用两国共同的优势，进行深加工或再加工，以提高产品的流通能力和附加值。以中越边境跨境合作区为例，可以利用中方的优势，如中方的管理和技术、配套能力、有些原料(如焦炭、电力)、物流等，同时也可以利用越方的优势，如越方的原产地证、劳工、矿产资源等。特别是用越南的原产地证出口有些国家，比用中国的有利，还可以规避反倾销。
　　核心区管理模式
　　核心区是两国海关共同特殊监管的区域。在“一站式”通关的基础上，两国应将“一关两检”进出境查验机构退至跨境合作区入口处，进行“二线”管理，充分体现“一线放开、二线管住、区内自由、入区退税”的政策。
　　“境内关外”的海关监管。为避免复杂的海关手续，“境内关外”是跨境经济合作区海关监管的核心思想，大体概括为“一线放开，二线管住，区内不干预”。“一线放开”是指境外的货物可以不受海关监管而自由进入合作区，合作区内的货物也可以不受海关监管而自由运出境外。“二线管住”是指货物从合作区进人国内非合作区或货物从国内非合作区进入合作区时，海关必须依据本国海关法的规定，征收相应的税收。“区内不干预”是指区内的货物可以任何形式进行储存、展览、组装、制造、加工、自由流动和买卖，无须海关批准，只需备案。
　　人员车辆管理。两国公民、第三国公民及车辆可以在合作区内跨境自由流动。任何公民凭借两国认可的有效证件，可免签在合作区内停留一定时间，但不得进入该区以外的地方。
　　货物往来管理。对双方各自从国内进入合作区的货物视同出口，实行退税；对从合作区进入各自国内的货物视同进口，按一般贸易税收管理规定办理。区域内商品之间交易不征收消费税和增值税。对合作区展示的进口商品，海关按保税货物进行监管，不需交纳关税抵押金，不受展示时间限制，只需在海关登记备案即可。对合作区与境外之间进出的货物，除实行出口被动配额管理外，不实行进出口配额、许可证管理。
　　行政司法管理。合作区各自一侧受本国的司法管辖，适用本国现行法律及有关国际条约、协议。