电子商务会计系统使得内部控制的重点从传统的对人的控制转变为对人和计算机的双重控制。电子数据形式储存的信息易受外界篡改、伪造，数据源可靠性降低，较纸质信息而言，可供审计的线索减少，导致传统的追踪审计已不再适用，检查风险增大;加之在网络会计系统中，许多不相容岗位相对集中，增加了人为舞弊的可能性。而现在审计人员对网络技术的不了解，传统的审计方式与现实情况脱节，审计制度不适应新的经济环境等，使得审计人员难以对内部会计控制的有效性做出正确判断。这一切都对内部审计人员提出了更高的专业技术要求，无疑是对审计工作的又一次考验。

三、保障电子商务会计稳步发展的几项措施

(一)加强电子商务立法，为电子商务会计发展提供一个健全的法律环境

我国电子商务立法应解决电子商务中出现的各类综合性问题，规范电子商务活动，使其在法律、法规许可的范围内进行公开、公平、公正的交易，鼓励竞争，防止垄断。在计算机及其网络安全管理的立法上，应针对电子商务交易在虚拟环境中运行的特点，明确提出电子商务交易安全保护的法律措施，对计算机泄密、窃取商业金融机密等行为给予严厉的法律制裁，逐步形成有法律认可、法律保障、法律约束的电子商务环境。　(二)加强电子商务会计安全防范措施，建立起安全可靠的电子商务会计系统

一是建立一个安全、可靠的电子商务通信网络，以保证财务数据信息安全、快速传递。对财务数据进行备份，并且数据"原本"和备份数据由不同人员保管，来相互牵制，防止有人企图修改。二是设立防火墙、电子密匙系统，在企业与外界的界面上构造一个保护屏障，最大地降低事故发生概率。特别是对于会计人员的数字签名，应该建立在电子原始凭证中电子签名的技术支撑，采用数字签名和加密技术相结合的最新方法进行监控。三是加强数据库服务器安全措施，防止黑客侵入盗取会计信息。四是权威认证机构或专门的验证中心验证交易双方的身份，并颁发安全证书，持有安全证书者才有资格进入电子商务会计系统。

(三)培养既懂得网络信息技术，又具备商务经营管理复合型的会计人才

目前在我国，既懂得网络信息技术，又具备商务经营管理知识，且精通会计知识的复合型人才还非常缺乏。要适应电子商务会计发展的需要，国家必须注重这类人才的培养和开发。这是信息时代保证企业乃至国家在激烈的市场竞争的制胜的关键所在。在电子商务会计下，内部审计人员必须懂得网络信息技术，不仅需要参与系统开发、修改、升级，还要对计算机网络环境安全的控制进行评价与校验，核对相关业务数据，严格控制各项会计信息。同时详细记录审计日志，对现有措施的不足提出改进意见，建立健全适应企业发展的内部审计体系。

(四)积极培育、发展电子商务会计市场

电子会计市场对电子商务会计的发展起着重要的作用。要建立起面向全世界的国际电子商务会计市场，开通电子商务会计网站，与世界各国进行会计信息交流，促进会计信息自由流动，为会计准则协调发展提供一个广阔的空间。注重对会计信息进入电子商务会计市场前先予以净化、过滤，以保证会计信息在会计市场上的质量性、及时性、有效性。

(五)完善电子商务会计系统的控制