在税款征纳方面，税法恪守于历史成本原则，而会计更倾向于公允价值原则;其次，会计准则强调以权责发生制作为会计核算的基础，但权责发生制带来的大量会计估计税法则不予承认;再次，会计制度频繁使用谨慎性原则，以适应企业稳健经营、规避风险的客观需要，而税法对谨慎性原则基本持否定态度，目的是为了避免让国家的税收利益来承担纳税人的经营风险。另外，会计的一个基本原则是企业应当按照交易或事项的经济实质来进行核算，这就是所谓的“实质重于形式”原则，然而税法在确定计税依据时，更重视发票、索款凭证以及合同等，一般不将财务人员的主观业务判断作为计税依据。

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