通过各种渠道筹集的新农合资金，一般都是统一拨付汇总到县级财政，由县级财政对参合农民的医疗费用进行支付。因此,平时沉淀在县级基金财政专户的新农合资金额度很大, 这为基金的账外停留提供了空间。特别是当县级财政发生困难时，这一资金有可能成为当地政府解决资金困难的一个渠道,即出现县级政府挪用基金，从而增加了基金的运行风险。

(三)基金支付环节的风险因素

从需求方来看，参合农民在报销过程中存在参合农民出租(借)新农合医疗证、为他人带药、未参合农民办理假证;在没有发生疾病的情况下伪造票据向合作医疗办公室谎报，或是涂改医药费收据、处方冒领合作医疗基金,从而造成新农合基金损失。如2010年1-8月，内蒙古巴彦淖尔市临河区合管办，对北京、天津等地住院的140例患者的比例进行实地核查，查出虚假病历6份，造假资金26万元。这些参合农民的不合理行为，使本已十分拮据的合作医疗基金雪上加霜。从供给方来看，出于医院利益,医疗机构可能会出现提供诱导消费的现象如提供不必要的检查及开大处方、小病大医等、医院与病人串通将门诊病人伪造成住院病人、患者与医务人员串通,将自费药品和自费检查项目伪造成可报销药品和可报销检查项目等，这些都危及到了新农合基金的安全运行。从监管方来看，由于基金管理和监督控制的不规范,会造成乡镇合作医疗管理人员审核报销凭证不认真,从而支付了不应报销的项目或费用。审核人员为了自己或他人谋取不正当利益,在审核过程中徇私舞弊,甚至造假,侵占新农合基金。

二、新农合基金运行风险成因分析

在新农合基金的运行中,之所以可能产生上述种种风险,其内在的决定性因素主要有以下几方面:

(一)较低的经济发展水平和有限的政府财力

由于内蒙古经济发展总体水平还不高,特别是“二元经济”体制条件下,农村牧区经济尤其落后,农牧民收入普遍较低。2009年内蒙古全区农牧民人均纯收入4938元，低于全国农村居民人均纯收入5153元。农民受收入状况的制约加上认识觉悟的局限,有可能出现不缴费而又想方设法去谋取新农合补偿等农民就医时的一些风险。作为重要筹资主体的各级政府的投入规模,决定了新农合基金规模的有限性。截至2007年末，内蒙古全区101个旗县区中有国贫县31个,区贫县29个。贫困县由于地方财力的不足,一方面可能使地方财政补助不能及时和足额到位,甚至为了得到上级财政的补助,可能出现抽逃本级财政补助的做法;另一方面地方出现紧急事件而财力严重匮乏的情况下,可能挪用新农合基金。

(二)监督管理机制不健全