不利影响： 
1、对间接出口视同内销征税不利于企业开展加工贸易。企业直接从国外进口料件加工后间接出口给另外一家企业，若对其征税，由于企业前道环节是免税进口的，没有进项可以抵扣，在这种情况下，对间接出口业务征税就相当于对产品全额而不是增值额征税，企业的税负很重。其次，在目前许多产品的出口退税率低于征税率情况下，对间接出口视同内销征税必然造成已纳税款得不到全额退税，增加加工贸易企业税收负担；第三，对所有的间接出口所征的税款，如果产品最后出口时都要退税，在出口退税指标比较紧和退税速度慢的情况下，占用企业资金，不利于企业开展加工贸易。 
2、在加工贸易整体税收政策未作调整的情况下，对间接出口视同征税会产生新的问题。目前，我国对加工贸易的主要税收政策是进口料件保税不征税，出口加工货物时退还其耗用的国产料件已征税款．如果仅对间接出口征税，会影响到加工贸易整体税收政策。由于间接出口涉及海关对进口料件的保税监管，同时又涉及税务机关对产品转厂的税收管理，如果税务机关对间接出口视同内销征税，但海关对间接出口的产品实行保税政策，政出多门，海关与税务机关政策互相矛盾，会让企业无所适从。另一方面，广东省毗邻港澳，如果对间接出口实行征税政策，广东省的进料加工企业很容易就把原来间接出口的产品改为直接出口到港澳地区后再进口到国内，甚至只要把集装箱开到港澳绕一圈再转回来就可以，所耗的运费肯定比间接出口所缴纳的税款少，但其他地区如上海的企业就没有这样的便利了，这会造成新的不公平竞争。如果仅对间接出口按内销征税，而其他形式的加工贸易税收政策没有改变，势必会造成加工贸易因形式不同而税负相差很大，成为新的税收问题。也很难说企业不会把进料加工改为来料加工或别的形式。所以加工贸易涉及多种形式，情况复杂，调整间接出口的税收政策，需要通盘考虑，还要兼顾间接出口涉及的方方面面。 
调整和规范间接出口税收政策的设想 
通过上述分析，我们清楚地看到，对间接出口视同内销征税，有利之处主要是便利税务机关的征管，弊端则是增加企业的税负、甚至危及我国加工贸易出口，弊大于利。在全球经济一体化的背景下，对于我国这样一个发展中国家而言，利用我国丰富的劳动力资源、廉价的土地、厂房等有利条件发展加工贸易，是我国发展对外贸易、发展经济的一种好途径，国家应该继续实施税收鼓励政策。对间接出口实行免税政策，有利于发展加工贸易，扩大出口创汇。所以间接出口税收政策的现实选择是实行免税政策。间接出口免税政策造成的不利于增值税规范管理、税务机关征管难度大等弊病可以通过规范、调整间接出口税收政策来解决：