对1994年的改革，在充分肯定的同时，我们不能不指出它同时是带着浓重过渡色彩的。我们的分税制在省以下，要考虑从省到市到县到乡镇，如何配置它的各自相对应的税基，这个难题的难度，在当时还看不出来。1994年改革后我们还有二十几种税，（这些年经过一系列改革，目前实际开征的是十九种税），这二十种左右的秘，从中央到地方五级该怎么分？到现在，这条路没走出来。所以1994年后的体制的难题，首先就是原来寄希望于在渐进改革中，让各省自己去改革摸索的这条省以下分税制的路没走通。我们现在经常听到对地方政府的批评，有的人说这是1994年分税制改革后带来的问题，分税制带来了地方政府的短期行为，分税制加剧了地方财政困难等。实际上这个板子完全打错了地方，因为从1994年一直到现在，中国的省以下并没有真正进入分税制状态。中央和省之间的分税制框架仍然存在——虽然共享税也大大增加了，但省以下，像沿海的江苏、浙江、福建等省，干脆就明确宣布省以下不搞分税制，就搞分成制，其他行政区虽然没有这样明说，但具体怎么分税？实际上是五花八门、复杂易变、讨价还价色彩十分浓重的分成制和包干制。那么，现在很多对于地方政府和财政体制相关的行为短期化、合理职能不到位的批评的板子，要打就应打在1994年之后已经形成的弊病很明显的分成制和包干制上。我们剩下的问题就是如何真正把分税制贯彻到位。
也就是在这个过程中间，对于我们形成强力刺激的基层财政困难问题，应该从我们有效制度的供给不足来理解。这个困难在2000年前后，为各个方面关注，闹得沸沸扬扬，就是说基层县乡出现了严重财政困难，最严重的时候是有一千多个县发不出工资或欠发工资（全国共有两千多个县）。明明是我们的综合国力在不断提升，分税制改革之后的财政增长非常强劲，看地方财政总收入增长，也非常明显，从1994年到2000年之间，地方财政的增长幅度为89%，差不多要翻了一番，所有这些指标，都无法解释基层财政为什么出现这么大的困难。我们的分析认为，县乡基层财政出现困难，是整个体制没有理顺、有效制度供给不足的集中反映，要解决它，就要看到整个体制的全貌。通盘考虑整个体制的问题，突出的矛盾是出现了我们在省以下无法真正落实分税制，实际生活中财权的重心在不断上移，事权重心却在不断下移，最后这个财权和事权背离的矛盾，在基层集中体现出来，转移支付制度又不能有力地解决基层和欠发达地区的困难。