第四，税收优惠政策的变化影响。税收优惠政策一直是我国税制体系的一把“双刃剑”,在达到特定政策目的的同时,也增加了税法约束软化和非规范风险,以及腐败和寻租的可能。从这一角度看,新税法还有需要进一步完善的地方。其中,在与税收优惠相关的基本概念方面,新税法还存在含混的地方。例如,新税法及其条例里面,经常混用抵扣和抵免这两个词汇。事实上,虽然二者共同点都是减少税额,但税额抵扣的目的在于避免重复纳税,恢复正常税负水平,而税额抵免是为了鼓励或照顾纳税人,使其获得低于正常的税负水平。对于成熟的税法来说,有必要加强此类基本描述的规范化。再就是税收优惠的一些具体规定,或会增加人为因素的影响空间。例如,新税法的税收优惠政策规定:“企业综合利用资源,生产符合国家产业政策规定的产品所取得的收入,可以在计算应纳税所得额时减计收入。”并在实施条例中进一步细化,指出“企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料并符合规定比例,生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入,减按90%计入收入总额。”但仔细来看,究竟哪些是符合优惠条件的产品,还缺乏明确的标准。

第五，粗放型的成本费用扣除项目明细不明确减少了应税收入。新企业所得税法对企业实物福利的扣除无明确明细规定。在中国，企业高层次的员工的避税手段花样繁多，如现金券、午餐券（为工作而配备的午餐费是免税的）、住宿、车费补助、旅游、话费、汽车燃油补贴、代金券的发放、住宿条件的豪华化、公用车辆私用、私人请客签公司帐单等等实物福利，更有甚者，在国家的住房公积金上做手脚，加大公积金计提，相当于多了一笔免税养老金存款。而大部分的实物福利是被记入企业的成本进行扣除，这相比一般员工来讲，有失税赋公平原则，而且造成国有资产和税收收入的流失。?
第六，企业所得税征收过程中出现的双重征税问题。虽然企业所得税和个人所得税选择不同的纳税人和征税对象课征，理应互不交叉，但在某些情况下，企业所得税和个人所得税虽选择不同的纳税人，却以同一对象征税，因而发生重叠交叉，出现重叠征税。如何在最大程度上避免这种重叠征税的现象，也是我国在进行所得税制改革、选择税制模式时应该考虑解决的问题。按现行税法规定，对个人从企业取得的股息、红利征收20%的个人所得税，尽管企业对该项股息、红利已经交纳了企业所得税，当投资者取得这些收入之后，还需要缴纳个人所得税，这是对同一所得额征收两种所得税的重复课税。?
第七，新的避税问题产生。目前国内的三资企业中，对于未与中国签订避免双重征税的税收协定的国家或地区的企业，以及避税地没有所得税征收，其来自于境内的所得，除个别例外情形给予优惠外，将被征收收益所得税，而旧税法规定外国投资者来源于境内的所得是免税的。而如果同时被认定为居民公司，这种避税地公司将变得没有实质意义，除非公司的管理机构进行搬迁，当然这是极不现实的。例如根据内地与香港税务安排，新的中国与新加坡税务协定（2008年1月1日生效）中对股息给予最低5%的饶让规定，比新企业所得税法中规定的20%（细则中规定为10%）为低。而此两国（地）企业所得税（又称利得税）税率较境内低。目前已有透过BVI进行境内投资的台资企业将持股公司转至香港的情况。同时，随着越南与东南亚新兴市场的开拓，以加工为导向的产业将有部分会流失至这些国家。?
第八，在具体纳税申报方面,现有规定和纳税申报表也有需要改进的细节。在未出台新纳税申报表的情况下,具体纳税计算存在模糊性。例如,在原有纳税申报表的规定中,对于捐赠支出,当“纳税调整后所得”小于或等于零时,扣除限额均为零,所有捐赠均不得扣除。这就与新税法精神存在冲突。?