1、建立会计系统控制程序。一是开展建章立制,搞好内部控制制度的创新。依据有关的法规政策,认真分析解剖医院存在的问题,抓住改进和改善医院管理水平和管理效率这个中心,围绕减少医院风险,提高医院经济效益和赢利水平这个核心,制定本院的内部会计控制制度或具体的实施办法。二是此类制度应该从定岗定员、明确岗位职责、完善内部牵制制度入手,按照合乎医院发展的要求建立内部控制制度,做到财产管理制度健全、会计信息真实。三是要考虑效益大于成本的原则,既不能因为内控制度不健全对单位产生负面影响,也不能追求尽善尽美造成无限制支出。即建立医院经济活动和经济业务处理的操作程序,使医院经济业务处理规范化、标准化,保证会计信息的真实可靠。四是医院要按照《会计法》和《医院会计制度》建立会计账册,正确设置和使用会计科目,保障会计资料真实、完整、可靠,建立严密的原始凭证传递程序,明确原始记录填制人、审核人的责任。五是建立账务处理程序制度,各项会计事务按规定及时办理手续,进行会计核算,各类凭证内容完整,手续齐备,登记会计账簿符合要求,会计报表内容齐全,报送及时,做到账证、账账、账实、账表相符。

2、建立合理的组织结构框架和配套制度。一是树立现代内部控制理念,拥有一套高效的组织机构和有效的内部管理控制制度,内部控制制度是医院不断健康发展的基本保证。良好的内部控制环境是内部控制得以顺利实施的基础。即明确的职责划分,使各个部门、岗位和员工都各自负责、相互制约。在横向上做到权力制衡,各部门之间在合理分工、职责分明的基础上做到既相对独立,又相互牵制;在纵向上做到精简办事程序,明确工作目标。二是公立医院要严格执行财政部门规定的回避制度,防止会计人员虚设,合理设置岗位,确保不相容职务相互分离,有计划地进行岗位轮换,确保相互牵制作用的发挥。确保以制度管人理事,实现科学、规范管理。三是制定和完善财务管理制度、岗位职责。如《医院财务管理制度》、《预算管理制度》、《绩效考核及绩效分配制度》、《成本管理及核算制度》、《费用开支审批权限暂行规定》、《医疗收费管理制度》等。

3、加强医院的风险评估。一是内部会计控制的根本目的不是在于消除一切风险,而在于控制所意识到的风险,由于社会经济环境的变化,医疗市场竞争越来越激烈,医院的经营管理同样会面临来自各方面的风险,如市场风险、营运风险、技术风险等。二是一个有效的内部控制系统必须建立风险评估系统,以识别医院外部因素和内部因素对经营管理构成的风险程度,保障国有资产保值增值。医院必须结合自身实际情况,制定采购控制程序,药房管理程序等规章制度,及时防范和化解其中的风险。如在进行医疗新设备投资时,要综合医院的市场环境、地域、就医消费等因素进行综合评估,做出投资分析,以降低投资风险。