首先，掩盖了学术自由和大学自治之间的内在关系。大学自治以实现学术自由为旨归，具有手段性价值。与学术自由权的实现之间是一种手段与目的的关系，而并非等同关系。相反，如果一所大学自治的主体是学校的行政系统，反而可能会带来对学术自由的伤害。事实上，学术自由并不必然产生于大学自治，大学自治也不必然以学术自由为最终目的。大学自治不包含学者个人的学术自由等权力诉求的意义，而是指大学作为一个学术组织为避免外界干扰而提出的属于大学整体需要的自我决策、自我管理的权力诉求。大学自治有可能损害学者个体的学术自由。正像有学者所指出的，知识分子进入学院化的大学校园后，大学里烦琐的规定成为最麻烦的学术障碍，??大大限制了学者们的独立人格和学术自由。问因此，当大学自治行为损害到了教师和学生的学术自由时，应该受到限制，大学自治作为手段并不是无限的。大学自治要受到国家合法性的监督，使得大学自治在保护学术自由、学习自由以及大学成员其他宪法性权利前提下展开。

其次。大学自治和学术自由二者的内容并非完全等同。一般认为，学术自由的内容包括学术思想自由、学术研究自由以及研究成果的传授、交流与发表自由等三个方面。而大学自治则是指大学必须由自己的机关独自负责并且不受国家之指示以完成事务之意，亦即大学之管理、运营系委诸于大学内部之自主性决定。嘲大学自治内容上则要丰富的多，从实体和程序角度来看，大学自治分为实质性自治和程序性自治;从自治权的分立和运行来看，又可以分为立法权、行政权和监督权;从具体内容来看，大学的自治权包括人事的自治、学生选择的自治、教育课程决定的自治、研究计划决定的自治、财源分配的自治等。

再次，大学自治和学术自由二者的主体不完全相同。学术自由权的主体一般适用于全体国民，但大学自治的主体却有很大差异。德国大学自治权的主体主要是教授，形成了教授治校的大学自治模式;而美国则形成了董事会领导下的大学自治模式。我国教育法规定办学自主权的主体是大学。而高等教育法中主体是大学和校长，而没有作为大学重要构成人员的教师和学生，特别忽视了学生的权利，但在大陆法系许多地区，学生一直处于大学构成主体的地位。可见，在学校这一集体之内，仍然存在着自治权主体的差别，而这一差别可能使之对学术自由的保障功能也会有所不同。

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